Вскоре оказалось, что жить в Китай городе опасно. Не получавшие жалованье польские солдаты занялись разбоем и грабежами. Они врывались в богатые дома и забирали продовольствие и ценные вещи. Хотя начальник гарнизона А. Гонсевский пытался навести порядок, но все было напрасным. На семейном совете было решено, что Марфа с Михаилом переедут в дом Ф. И. Шереметева, находившийся в Кремле. Их родственник возглавлял Казенный дворец и не бедствовал. К тому же у него была надежная охрана для спасения последних остатков царских сокровищ, в том числе и легендарной «шапки Мономаха». В то время Марфа не подозревала, что все это сберегается для ее сына. Она лишь констатировала, что от прежних огромных царских сокровищ осталось совсем мало.

«Кремлевские сидельцы» с трудом пережили зиму. Запасы продовольствия почти иссякли. Помощь от короля не приходила. Некоторые бояре, в частности И. М. Воротынский и А. В. Голицын, стали склоняться к тому, чтобы прервать отношения с Сигизмундом, выгнать польский гарнизон и объединиться с ополченцами. За эти предложения они были арестованы и брошены в тюрьму. Очень обострились отношения «седьмочисленных бояр» и с патриархом Гермогеном. Глава православной церкви открыто называл поляков во главе с королем главными врагами веры и Отечества. Он рассылал грамоты по городам с призывом начать национально освободительную борьбу с интервентами. За это А. Гонсевский приказал бросить святого старца в земляную тюрьму Чудова монастыря и кормить лишь необмолоченным овсом и водой. Поскольку Гермогену было уже за 80 лет, то столь суровый образ жизни он вынести не смог и в феврале 1612 года скончался.

Марфа в глубине души понимала, что патриоты правы. В этом ее убеждала печальная участь плененного Филарета. Ведь король не имел права арестовывать русских послов, вся вина которых состояла в том, что они отстаивали интересы своей страны. Но она не могла открыто выражать свои мысли из за боязни нового ареста. Свою цель она видела лишь в том, чтобы сохранить сына в тяжелых условиях длительной осады.

Летом пришла весть, что король наконец то послал к Москве войско под командованием гетмана Хоткевича. Оно должно было либо окончательно снять осаду, либо доставить продовольствие. Ополченцы также узнали о походе Хоткевича и начали готовиться к его встрече. К этому времени войско Первого ополчения сильно поредело и стало менее боеспособным из за своеволия казаков. Поэтому его глава Д. Т. Трубецкой направил гонцов к Д. М. Пожарскому и К. Минину, руководителям Второго ополчения, с просьбой поскорее выступить из Ярославля к столице и помочь отбить атаку поляков. Новое мощное войско патриотов подоспело вовремя и быстро отогнало полки Хоткевича. В итоге «кремлевские сидельцы» ничего не получили: ни освобождения, ни продовольствия.

Наступила новая безрадостная осень. Если летом можно было поддерживать силы зеленью с огородов, то с наступлением холодов становилось очевидным, что есть совершенно нечего. Марфа вновь начала испытывать сильный страх за здоровье сына. Его молодой и растущий организм требовал полноценной пищи, а ее почти не было. Кроме того, выяснилось, что некоторые польские солдаты озверели от голода настолько, что стали по вечерам подстерегать зазевавшихся путников и тут же съедать. Из за боязни расправы никто не осмеливался их порицать или наказывать.

В этих крайне тяжелых условиях Марфа с несколькими боярынями стали требовать, чтобы оборонявшие Кремль поляки выпустили их из крепости на милость ополченцев. Они надеялись, что входившие в руководство полков патриотов родственники возьмут их под свою защиту.