Обо всем этом Марфа не знала. Предупрежденная Богданом Собининым о грабителях, она быстро собралась вместе с сестрой и сыновьями и тут же направилась в Кострому. Там у нее был дом, в котором можно было жить во время военной опасности. Крестьяне доставили запасы продовольствия, и беглецы стали надеяться, что будут жить спокойно. Занятые своими проблемами Марфа и ее сестра долго были не в курсе происходивших в Москве событий; Только зимой местный воевода рассказал, что Кремль полностью очистили от поляков, образовалось временное правительство во главе с Д. Т. Трубецким и Д. М. Пожарским. Большинство «седьмочисленных» бояр во главе с Ф. И. Мстиславским из столицы выслали, поскольку готовился избирательный Земский собор, на который их, как изменников, приглашать не собирались. Собор должен был решить вопрос о кандидатуре нового царя. Предполагалось, что главную роль на нем будут играть представители городов, а не сами ополченцы, чтобы потом в стране не было новых раздоров и междоусобия.

Для Марфы Ивановны, пережившей много невзгод и думающей только о здоровье и безопасности единственного сына, вопрос о новом царе казался чем то далеким и мало касающимся. Ей было все равно, кого изберут, лишь бы в стране установился мир и появилась возможность вновь вернуться к спокойной и благополучной жизни. Словоохотливый воевода сообщил, что многие выборщики категорически против кандидатур иностранных принцев: и польского Владислава, и шведского Карла Филиппа, провозглашенного государем в отделившемся Новгородском государстве. Почти нет сторонников у Воренка, сына Марины Мнишек и Лжедмитрия II. Значительно больше шансов у князя Д. Т. Трубецкого, объявленного правителем и получившего за свои заслуги от собора богатую волость Вага. Не теряет надежду быть избранным и князь Д. М. Пожарский. На его стороне почти все Второе ополчение. Есть и некоторые другие кандидаты, но их имена Марфу уже не интересовали.

В начале февраля из Москвы на имя Марфы Ивановны пришла грамота. Она была от родственника, Ф. И. Шереметева, который за свои героические усилия по спасению царской казны был допущен на Земский собор. Боярин сообщал, что после долгих споров и дебатов, часто перераставших в потасовки, участники собора пришли к мысли, что единственно приемлемой для всех кандидатурой является сын Марфы Михаил Федорович. От этого известия бедная женщина тут же упала в обморок. Ей была хорошо известна судьба всех царей Смутного времени, свергнутых, убитых или насильно постриженных. Отпускать на эту бойню свою единственную кровинушку она не собиралась.

Едва оправившись от первого шока, Марфа взяла перо и написала родственнику грамоту. В ней она прямо заявила, что ни у нее, ни у сына никогда и в мыслях не было думать о царском престоле. Сама она всегда советовала юному Михаилу держаться подальше от политических баталий и не стремиться к власти. Ведь хорошо известно, что люди Московского государства неверны своему слову и, поцеловав крест одному государю, тут же готовы изменить ему ради другого. В качестве примера она напомнила, как все сначала поклялись верно служить сыну царя Бориса Федору, а потом ему изменили и отъехали к вору Гришке Расстриге. Но и на этом не успокоились: Гришку Отрепьева убили и сожгли, выбрали государем Василия Шуйского, но и тому изменили ради Тушинского вора.