Незадолго до развала Советского Союза Эсамбаев получил свою последнюю правительственную награду – звание Героя Социалистического Труда. Вскоре Эсамбаев ушел со сцены, целиком сосредоточившись на общественной деятельности. В 1992 году Эсамбаева избрали президентом Международного союза деятелей эстрадного искусства, он был академиком Международной академии танца.

В 1994 году началась война в Чечне, и Эсамбаев потерял многое из того, что у него было. Например, был полностью разрушен его дом в Грозном, который больше напоминал музей. Этот дом сами грозненцы называли «малым Эрмитажем», поскольку в нем были собраны уникальные картины Айвазовского, Саврасова, Пикассо и других выдающихся живописцев. По словам самого танцора: «Я не жалею о потерянном, хотя тогда в Чечне у меня пропало добра на миллиарды. Дом, музей, уникальная коллекция картин, автомобили, включая новенький „Мерседес“, подаренный мне на 70-летие, – все прахом пошло. Например, у меня была картина Пикассо. Он рисовал меня в Париже в 57-м году. Картина, прямо скажем, хреновая, но ее оценили в шесть с половиной миллионов долларов…»

28 октября 1997 года в Москве, на Площади звезд у концертного зала «Россия», была открыта звезда-плита в честь Махмуда Эсамбаева.

Свои последние годы Эсамбаев прожил в Москве и очень переживал по поводу того, что происходит у него на родине. Все эти переживания не прошли бесследно для здоровья артиста. И в самом начале 2000 года наступила развязка.

По одной из версий Эсамбаев умер от рака, по другой – от сердечной недостаточности. У артиста были больные почки, и последние три года его мучили сильные боли. Пытаясь их унять, Эсамбаев в огромных количествах принимал антибиотики. Чем еще сильнее подорвал свой организм. В начале декабря 1999 года Эсамбаева в очередной раз положили в «кремлевку». Живым из нее он уже не вышел.

Рассказывает племянник артиста А. Эсамбаев: «Дядя понимал, что умирает. И мы тоже понимали. Когда я у него спросил, есть ли какое-либо желание, что нужно сделать, дядя сказал: „Пока будут силы – творите добро“…

Он умер у меня на руках 9 января. За 15 минут до смерти ему стало плохо. Рядом находилась его дочь Стелла, которая очень любила и уважала отца. Я не хотел, чтобы она видела последние мгновения самого дорогого человека, и попросил ее покинуть палату. Мой дядя умер достойно, как мужчина, с именем Аллаха на устах…

После кончины я и два моих брата отвезли его к себе в подмосковный пансионат «Лесной городок». Там мы произвели омывание тела и сделали все необходимое, как положено по нашим законам. Проститься с ним туда пришло очень много народу…»

Эсамбаев умер в день, когда совпали два праздника – Рождество и конец Рамазана. Это большая редкость. Считается, если в такой момент умирает человек, он святой и ему открыта дорога в рай.

Согласно обычаям чеченцы хоронят своих соплеменников там, где они родились. А родиной Эсамбаева было селение Старые Атаги. Однако незадолго до своей смерти Эсамбаев попросил своих родственников похоронить его на мусульманском кладбище в Москве. Объяснил свое желание просто: на родине идет война, и он не хочет, чтобы во время его похорон что-нибудь случилось (в последние годы в Чечне были случаи, когда во время военных действий обстреливали траурную процессию и даже убивали людей).

Между тем столичные власти стали уговаривать родственников артиста похоронить его на престижном Новодевичьем кладбище. Но те не поддались на эти уговоры и выполнили волю покойного – похоронили его на Даниловском мусульманском кладбище.