Короткое правление Гонория IV было наполнено заботами о мире в Церковном государстве и урегулированием сицилийских проблем. Папа был полон решимости сохранить целое и неделимое Сицилийское королевство для Анжуйской династии. Но он сознавал необходимость реформ в королевстве и существенно снизил налоги. Однако сицилийцы ни на каких условиях не собирались подчиняться французам. Их не лишила мужества смерть Педро Арагонского, которого сменил на престоле Сицилии его второй сын Хайме (старший сын, Альфонс, получил королевство Арагон). Хайме находился под сильным влиянием матери, королевы Констанции Гогенштауфен. Враждебность папства к потомству Фридриха II делало всегда разумного и практичного папу невменяемым.

Новый король Франции, семнадцатилетний Филипп IV, сразу проявил независимый характер. Сын арагонской принцессы Изабеллы, он с одобрения папы просил дядюшку Эдуарда Английского быть посредником между ним и кузеном Альфонсом Арагонским, чтобы договориться о перемирии. Гонорий был готов отказаться от похода на Арагон, тем более что арагонский король не предъявлял претензий на Сицилию. Однако ходили слухи, что папа послал на остров своих агентов, чтобы те возбудили мятеж. Хайме раскрыл их замысел и вежливо выпроводил из своих пределов.

Сразу после коронации Хайме Арагонский отправил посольство к Гонорию с сообщением, что намерен принести ему оммаж, а также с просьбой подтвердить его королевский титул. Гонорий в ответ предал анафеме Хайме, его мать королеву Констанцию и всех сицилийцев.

Пленный Карл II готов был передать арагонскому дому Сицилию и Калабрию в обмен на свободу, но папа запретил такой обмен, а французский двор был решительно против любого усиления Арагона. Тем не менее Карл подписал договор об уступке Сицилии правнукам Фридриха II. Он обязывался воздействовать на папу, чтобы тот отменил анафему против арагонского дома, женить своего сына на арагонской инфанте Виоланте и отдать в жены Хайме одну из своих дочерей.

Гонорий отказался утвердить это справедливое и разумное решение. Вместо этого он организовал новую атаку на Сицилию. Она окончилась полным и безоговорочным разгромом.

Папа не увидел результатов своего упрямства. Инвалид Гонорий IV умер в своем дворце на Авентине, не завершив важнейшего дела: не успев возложить на голову первого Габсбурга корону Карла Великого, которой германский король горячо домогался.

Первосвященник был погребен в соборе Божьей Матери на Аракоели. Он правил недолго, но оставил свой род богатым и уважаемым.

После смерти Гонория IV Св. Престол снова в течение десяти месяцев оставался вакантным.

Наступило жаркое время года: шесть кардиналов умерли от губительной «римской лихорадки», остальные искали спасения в бегстве. Антифранцузская коалиция в коллегии кардиналов была достаточно сильной, чтобы противиться избранию еще одного папы — сторонника Анжуйской династии. В отсутствие папы Эдуард Английский, обеспокоенный возможной войной в Испании, которая могла затронуть его владения во Франции, еще раз выступил посредником между Карлом II и Альфонсом Арагонским. Соглашение было достигнуто в 1287 г. на следующих условиях: Карл получал свободу в обмен на 50 тыс. марок серебра; трое его сыновей вместе с шестьюдесятью провансальскими аристократами должны были занять его место в качестве заложников. Карлу вменялось в обязанность добиться мирного договора между Альфонсом Арагонским и Хайме Сицилийским, с одной стороны, и французским королевским домом и Св. Престолом — с другой. Компромисс был достигнут, договор подписан и нехотя одобрен коллегией кардиналов. Но французский король Филипп IV остался недоволен условиями и отказался от сотрудничества.

В итоге соглашение все же было достигнуто, и Альфонс освободил Карла II, но Филипп запретил тому принимать титул короля Сицилийского, чтобы не нарушить этот хрупкий мир.

Кардиналам удалось собраться лишь в начале следующего года.