Холлес и его друзья с трудом удерживали свои позиции. Несмотря на помощь лорд-мэра, стойкого противника сектантов, они не могли контролировать растущие симпатии к ним со стороны лондонской публики. Лорд-мэр организовал протест от лица Городского совета, требуя запрещения конгрегационалистской церкви и проведения активных действий против сектантов. Еще до того, как этот протест достиг своей цели, Уильям Уолвин написал умеренный и убедительный ответ на него. Паства Джона Гудвина дала денег на публикацию 10 000 копий, а Джон Лилберн и другие распространяли их на улицах, окружавших Вестминстер. Холлес в палате представителей собрал все подконтрольные ему силы, и ходатайство о том, чтобы принять к рассмотрению протест лорд-мэра, получило 151 голос против 108. В палате лордов дела обстояли хуже, поскольку, несмотря на то что оно получило большинство, набрав 25 голосов, девять лордов во главе с Нортумберлендом и Сеем выразили решительный протест.

Через неделю, 2 июня 1646 г., лондонские индепенденты представили в палату петицию, где изложили свои доводы. Они действовали более скрытно, чем их оппоненты, и, очевидно, застали Холлеса и его сторонников врасплох. В результате большинством всего в четыре голоса индепенденты провели вотум благодарности составителям сектантской петиции. Но хотя индепенденты подстрекали к протестам своих сторонников в Сити, они не сделали попытки предотвратить принятие палатой нескольких ордонансов, касающихся церковного управления, и через неделю после подачи петиции сектантами палата единодушно выдала ордер на проведение выборов старейшин в лондонских приходах. Лидеры индепендентов прекрасно понимали, что без некоторого видимого согласия с религиозными взглядами шотландцев им никогда не избавиться от шотландской армии. Кроме того, они знали, что в условиях их доминирования в Армии нового образца уступки, сделанные пресвитерианцам в парламенте, будут временными и не принесут вреда. Ни Холлес, ни шотландцы не вполне сознавали, что борьба уже выплеснулась за стены палаты общин на улицы и в военные лагеря. В конечном счете пресвитерианская партия в парламенте и Сити оказались беспомощны против новой силы, которую породила война.

Джон Лилберн, благодаря пламенной пропаганде своих личных пристрастий, превратил призыв к религиозной свободе в куда более радикальный и опасный призыв к предоставлению народу гражданских прав. Он не мог бросить правое дело. Более года назад Кромвель уговорил его быть свидетелем против графа Манчестера и нескольких его офицеров из-за их нерешительного поведения во время войны. Цель свидетельств Лилберна, как ее видел Кромвель, заключалась в том, чтобы убрать Манчестера из армии. Но в итоге эта цель была достигнута «Ордонансом о самоотречении», и после его принятия Кромвель полностью прекратил дальнейшие атаки на Манчестера. Удовлетворить Лилберна оказалось не так просто. Если человек совершил зло, то должен пострадать за это, поэтому Лилберн продолжил требовать справедливости в отношении Манчестера и других нерешительных военных, пока один из них не обвинил его в клевете и не отсудил у него 2000 фунтов.