Очевидно, Милютин обратил внимание на Н. Н. Обручева, чем и объясняется декабрьское назначение последнего. В деле о переводе Обручева в Генеральный штаб нет никаких ссылок на «демонстративное отчисление от должности» – Обручев был проведен высочайшим приказом от 6 февраля 1863 года³⁶¹, что вызвало некоторую задержку в пересылке документов – в Департамент генерального штаба они пришли уже из Вильно, 25 февраля 1863 года³⁶².

Таким образом, версия поведения Обручева во время Польского восстания, данная Газенкампфом или Николаем Николаевичем (старшим), не подтверждается – в 1863 году он не совершал поступков, граничащих с дезертирством и нарушением присяги. Уже в 1864 году Обручев предупреждал о необходимости впредь быть лучше готовым к отражению в Польше и прилегающих к ней районах юго-восточной Европы враждебных России настроений³⁶³. Период увлечения либеральными настроениями, условным началом которого для Обручева был радостный тост в день смерти Николая I, завершился во время польского восстания 1863 году.

Этим и объясняется относительно нормальное продолжение карьеры Обручева. К 1865 году средний возраст полковника русской армии составил 43,87 года, в гвардейской пехоте – 36,2 года³⁶⁴. Полковник с 1859 года, Обручев не мог пожаловаться на несправедливость командования к себе. В 1864 году он испросил отпуск за границу на летнее каникулярное время – врачи рекомендовали ему Киссингенские минеральные воды и морское купание для поправления здоровья³⁶⁵. Начальник академии ген.-л. А. Н. Леонтьев поддержал просьбу Обручева, но предложил объединить этот отпуск с командировкой и поручить Николаю Николаевичу собрать сведения: 1) об аппликационной школе французского генерального штаба; 2) об устройстве геодезических работ во Франции и вообще полезные для военной статистики данные; 3) встретиться с бароном Жомини и поговорить с ним о проекте нового устава Академии, ознакомить его с проектом нового Устава Академии, ознакомить с последними изменениями в ней, с отчетом Конференции; 4) собрать для библиотеки Академии некоторые новые книги³⁶⁶.

Предложение Леонтьева было принято и Обручевым, и штабом Военно-учебных заведений. В июне – октябре 1864 года Обручев находился за границей, а по возвращении им был представлен рапорт-отчет на имя Леонтьева. Безусловно, наиболее интересным для Обручева была работа в аппликационной школе и встреча с основателем службы Генерального штаба и академии ГШ в России – генералом от инфантерии бароном Генрихом Жомини.

86-летний генерал-адъютант живо интересовался судьбой своего детища, встретив молодого полковника вопросом: «Наша Академия действительно ли академия, а не простая школа?»³⁶⁷. Он подтвердил свое всегдашнее мнение, что Николаевская академия должна существовать как военный университет, как центр военной науки и распространения военного образования на всю армию, – мнение, которого постоянно придерживался и Обручев. Что же касается аппликационной шкалы, то выводы Николая Николаевича были полностью повторены в отчете Конференции Академии за 1864 года: «…желая придать занятиям офицеров более практическое направление, Конференция признала полезным иметь в виду самые подробные и обстоятельные сведения о французской Аппликационной школе, которая отличается утилитарным направлением.