От Марии требовалось не слишком многое: очаровать будущего супруга, привязать его к себе и по возможности родить ребенка, чтобы упрочить свое положение в настоящем и будущем. (Все знали, что предлогом для частых разводов царя с неугодными женами было обвинение их в бесплодии.) Уговорив Марию попытать счастья в браке с царем, Ф. Ф. Нагой и его братья взялись за дело. Опытному дипломату Афанасию Федоровичу не стоило большого труда убедить Ивана Грозного, пребывавшего в унынии от поражений на западном фронте, что ему необходимо вновь жениться на молодой, красивой и веселой девушке. После этого царю как бы невзначай во время очередного церковного праздника указали на юную Марию, заранее предупрежденную и поэтому одетую необычайно ярко и кокетливо. Для того чтобы Иван IV особо отметил девушку, Афанасий Федорович сообщил, что Мария Нагая приходится родственницей Марфе Собакиной, третьей жене царя, безвременно скончавшейся и поэтому не успевшей надоесть.

Престарелый государь был очарован Марией и приказал готовиться к новой, уже шестой свадьбе. Для невесты и всей ее родни наступили самые счастливые времена, поскольку все остальные придворные с завистью думали об их скором возвышении и обогащении. Мария торжествовала, так как знатные девушки и даже женщины стали перед ней заискивать, желая попасть в окружение будущей царицы. Составлять список своих ближних боярынь, дворянок и прочей прислуги стало для нее самым занимательным делом. Даже наряды и подарки интересовали ее меньше. В сладостных мечтах молодая невеста представляла себя на царском троне, в роскошном платье, усыпанном драгоценностями, в золотой короне на голове. У ног – просители – князья и бояре, а также иностранные посланники с чудесными подарками. Она размышляла о том, как будет устраивать приемы для самых знатных женщин страны, принимать поздравления патриарха с церковными праздниками, выезжать на богомолье в золоченой карете в окружении многочисленной свиты. При этом Мария старалась не вспоминать, что немало времени ей придется проводить в обществе будущего мужа, злобного, коварного и физически неприятного старика, который будет требовать от нее любви и ласки.

Со свадьбой затягивать не стали. 6 сентября 1580 года во двор Федора Федоровича Нагого прибыли дружки невесты: Б. Ф. Годунов (шурин царевича Федора) и М. А. Нагой (брат умершей жены Владимира Старицкого, приходившийся Марии двоюродным дядей). В их сопровождении Мария с родственниками отправилась в Александрову слободу, где должны были состояться венчание и свадьба. Вполне вероятно, что Нагим хотелось, чтобы бракосочетание прошло в Кремле, в главном храме государства – Успенском соборе, но царь Иван Васильевич не решился столь смело попрать церковные правила – его шестой брак уже никак не мог быть каноническим. Поэтому свадьба с М. Ф. Нагой была отнюдь не пышной и больше напоминала небольшое семейное торжество. Посаженными отцом и матерью стали царевич Федор Иванович и его жена Ирина Федоровна, тысяцким – царевич Иван Иванович. Дружками жениха были молодой в то время князь В. И. Шуйский и царский любимец Б. Я. Бельский, дружками невесты – другой царский любимец Б. Ф. Годунов и М. А. Нагой. В числе гостей из бояр были только князь Ф. М. Трубецкой да Д. И. Годунов. Более знатных придворных царь, видимо, не решился пригласить. Их заменили родственники невесты: Семен Федорович, Федор Федорович, Афанасий Федорович и Иван Григорьевич Нагие.