Пока проходили свадебные торжества, Мария была очень счастлива, поскольку находилась в центре всеобщего внимания. На ней было великолепное платье из красного бархата, отделанное жемчужной вышивкой и самоцветами, голову украшала царская корона. Но оставшись наедине со старым мужем, она испытала горькое разочарование: царь был груб, похотлив и, будучи физически немощен, требовал ласк от нее. С трудом скрывая отвращение, молодая жена притворилась веселой и игривой. Ей вовсе не хотелось повторить участь других неугодных жен и оказаться постриженицей убогого монастыря на далеком Севере. Иван Грозный, хорошо изучивший женскую натуру, очень скоро понял, что представляла из себя юная чаровница притворщица. Возможно, его даже сначала забавляли непомерное тщеславие и корыстолюбие Марии. Он позволил ей устроить свой двор (правда, в него вошли лишь жены дворян и дьяков), разрешил пышные выезды в загородные резиденции и монастыри. Сам он в них почти не принимал участия, удрученный болезнями и победоносным продвижением польского короля Стефана Батория в глубь русских территорий.

Даже через полгода совместной жизни ни у царя Ивана, ни у Марии Нагой не возникла хотя бы малейшая привязанность друг к другу. Слишком велики между ними были разность характеров и жизненных интересов и различие в возрасте. Иван Васильевич в очередной раз убедился, что единственно родным и близким для него человеком была первая жена Анастасия Романовна и что никакая самая красивая девушка не в состоянии ее заменить.

Марии все труднее и труднее было изображать из себя веселую кокетку, когда она оставалась наедине с мужем. Ведь от него она почти не получала подарков и средств для организации приемов – казна была истощена длительной и бесперспективной Ливонской войной. К тому же она заметила, что окружение жен царевичей более знатное и многочисленное. Особую зависть вызывала новая жена царевича Ивана Елена Федоровна Шереметева, которая, по слухам, была беременна. Ведь именно Елена в будущем должна была стать царицей, саму же Марию при отсутствии детей ждала монастырская келья. Поэтому Мария решила любым путем устранить соперницу. Лучшим способом для этого были интриги, всегда процветавшие при царском дворе. Она знала, что стареющий монарх давно с подозрением относился к старшему сыну Ивану, считавшемуся официальным наследником. Царевичу уже было 27 лет, но отец в жесткой форме пресекал все его попытки действовать самостоятельно. Естественно, что навязчивая опека родителя не могла не возмущать Ивана. Опасная искра в их взаимоотношениях могла вспыхнуть в любой момент, и Мария, судя по всему, «запалила фитиль».

Все подробности этого трагического ноябрьского дня 1581 года остались неизвестными современникам. Они лишь узнали о том, что разгневанный царь Иван ворвался в терем старшей невестки Елены Шереметевой и стал избивать и бранить ее. Причину царской ярости никто не знал. Некоторые современники даже предположили, что свекру не понравился слишком простой наряд жены царевича. Однако в своем тереме она имела право ходить в любом виде, посторонние же не могли врываться к ней без позволения мужа. Поэтому напрашивается предположение, что именно Мария настроила царя против жены царевича Ивана и побудила его направиться в женский терем и начать роковую ссору. Она могла пожаловаться на то, что старшая невестка не слишком к ней почтительна, что нелестно о ней отзывается, или придумать что либо более серьезное.

Так это было или иначе, но на крики жены прибежал Иван Иванович и попытался унять разбушевавшегося<от ца. Но это лишь «подлило масла в огонь» – град ударов тяжелого царского посоха обрушился и на него. Один из них – в висок – стал смертельным. Обливаясь кровью, царевич упал и потерял сознание. Вскоре у него началась горячка, и 19 ноября он скончался.