В конце этого же 1585 года царь Федор Иванович запланировал поход против шведского короля. По его росписи Андрей Иванович должен был войти в состав Дворового полка вместе с В. Ф. Скопиным Шуйским. Полк Правой руки должен был возглавлять И. П. Шуйский, кравчим следовало быть Д. И. Шуйскому. Как видим, сразу четверо князей Шуйских оказались около царя. Их положение не ниже царских родственников Годуновых. Однако в следующем году И. П. Шуйский был отправлен наместником в Псков. Для прославленного воеводы это явное понижение. Его место в Думе занял ДИ. Шуйский, получивший боярский чин. Главную роль в его возвышении, видимо, играло родство с Б. Ф. Годуновым.

Князья Шуйские как наиболее знатные Рюриковичи всегда привлекали внимание иностранцев, которые в своих донесениях на родину так их характеризовали: «Василий Иванович почитается умнее своих однофамильцев, а князь Андрей почитается за человека чрезвычайно умного. В. Ф. Скопин Шуйский более знатен, чем способен для советов. И. П. Шуйский – человек с большими достоинствами и заслугами». Росписи царских пиров в первые годы правления Федора Ивановича свидетельствуют об упорном стремлении князей Шуйских занять место выше Годуновых, поскольку по знатности они превосходили царских родственников по всем статьям. Престарелому и заслуженному полководцу И. П. Шуйскому удавалось подняться выше Дмитрия Ивановича и Бориса Федоровича Годуновых. Андрей Иванович считался выше Степана Васильевича и Григория Васильевича Годуновых. В этот спор Василию Ивановичу не удалось вступить, поскольку он на несколько лет (до 1587 года) был отправлен воеводой Смоленска. Естественно, что затянувшееся соперничество не могло закончиться мирно для обеих сторон. Знатные и честолюбивые князья решили нанести удар первыми, полагая, что их поддержит все остальное родовитое дворянство. Поводом послужило «неплодие» царицы Ирины. Следует отметить, что Ирина не была бесплодной женщиной, но ее дети умирали во время родов. Причиной могло быть отсутствие квалифицированной медицинской помощи.

Осенью 1586 года Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские начали широкомасштабную кампанию против царицы. На свою сторону им удалось привлечь самого митрополита Дионисия, крутицкого архиепископа Варлаама и посадское население столицы. Совместно было составлено «рукописание» – грамота, в которой излагалось требование к царю развестись с «неплодной женой чадородия ради». Выступление объяснялось заботой о благе государства и продолжении царского рода, не имеющего наследника. В этой акции ни Василий, ни Дмитрий, ни младшие, Александр и Иван, участия не приняли. Первый не был в Москве, а остальные братья, видимо, побоялись выступать против всесильных Годуновых. Парадокс требований Шуйских состоял в том, что сами они не имели наследников мужского пола. Аналогичным было положение и у Ф. И. Мстиславского, и у Б. Ф. Годунова (в то время), и у многих других представителей знати.

Царь Федор, до этого казавшийся мягким и податливым человеком, внезапно показал себя подлинным сыном грозного отца. Он не потерпел вмешательства подданных в свои семейные дела. До этого он отказывался слушаться даже отца, царя Ивана Васильевича, советовавшего ему подыскать более подходящую жену. На головы «главных заводчиков» «рукописания» обрушились репрессии. Дионисия лишили сана и отправили в новгородский Хутынский монастырь. В отдаленном Антониевом монастыре оказался и Варлаам. Ивана Петровича сначала сослали в вотчину, село Лопатничи, потом вынудили постричься в Кирилло Белозерский монастырь. Андрея Ивановича сначала также отправили в вотчину, потом – в каргопольскую тюрьму. По темницам были разосланы и их сторонники: Татевы, Колычевы, Быкасовы и др. Самое жестокое наказание ждало посадских людей и купцов – на Пожаре (Красной площади) им публично отрубили головы. Их вмешательство в личные дела царя было расценено как особенно крамольное и возмутительное.