Поскольку В. И. Шуйский вполне добросовестно выполнил свою работу и ее результаты оказались благоприятными для царя Федора и его администрации (они снимали подозрение в причастности кого либо к умышленному покушению на жизнь царевича), то некогда опальный князь вновь стал желанным гостем во дворце. Его приглашают на праздничные пиры и торжественные приемы. Зимой 1591 года Василий Иванович получил важное назначение – возглавить оборону Новгорода Великого в случае обострения отношений со Швецией. После успешного. Ругодивского похода царя Федора на русско шведской границе было очень неспокойно. В подчинении у Шуйского оказались видные представители знати – В. В. Голицын и М. Г. Салтыков. Только в 1595 году после подписания мирного договора со Швецией князь Василий смог вернуться в Москву. Он вновь становится активным участником придворной жизни. В 1596 году вместе с братом Дмитрием присутствует на праздничном пиру в Новодевичьем монастыре. На приеме персидского посла в Кремле занимает среди бояр второе место после князя Ф. И. Мстиславского. Возможно, более низкое положение, чем у Шуйского, не слишком устраивало Годуновых, но они были вынуждены смириться. Весной 1596 и 1597 годов на Береговой службе В. И. Шуйский возглавлял второй по значимости полк Правой руки (самый главный Большой полк возглавлял Ф. И. Мстиславский). Князь Т. Р. Трубецкой, Гедиминович, пытался было местничать с Василием, но доказать свою большую знатность не смог.

Все это свидетельствует о том, что в последние годы правления Федора Ивановича В. И. Шуйский считался одним из наиболее знатных людей государства и занимал в армии и при дворе очень высокое место. Но вступить в схватку за престол со всесильными Годуновыми он не мог. Главные рычаги по управлению страной находились в их руках. К тому же по завещанию царя Федора его наследницей была объявлена царица Ирина, и только она, отрекшись от престола, могла назвать имя своего преемника и благословить того на царство. В. И. Шуйский, естественно, в число таких людей не входил.

Оставшись в стороне от придворных интриг после смерти царя Федора Ивановича в январе 1598 года, князь Василий сумел сохранить свое прежнее высокое положение и при новом государе – Б. Ф. Годунове. Более того, он даже вошел в число царских родственников, поскольку его брат Дмитрий был женат на сестре новой царицы – Марии Григорьевны. Старшие представители рода Шуйских уже не посылались на дальние воеводства, не участвовали в Береговой службе. Они все время при дворе, на царских пирах и приемах. Борис, видимо, уважал В. И. Шуйского за глубокие знания и цепкий ум, поэтому поручал ему распутывать очень сложные местнические споры. Так, в 1600 году он разбирал спор между активным спорщиком П. Н. Шереметевым и князем Ф. А. Ноготковым, в 1602 году – между постоянно борющимся за свою честь князем Ф. И. Лыковым и Ю. Г. Пильемовым. Следует отметить, что в первом случае П. Н. Шереметев выиграл спор, во втором случае он не был разрешен, поскольку для судей его существо было не слишком понятно: одного из спорщиков назначили воеводой Шацка, другого – Рязани, что было почетнее – неизвестно.

В 1600 году уже самому В. И. Шуйскому с братом Дмитрием пришлось отстаивать родовую честь в споре с князем И. Н. Одоевским. Последний потерпел полное фиаско.