Конечно, Василий понимал, что достигнутый успех следует развивать и окончательно добить противника в его последнем логове – Путивле. Но действовать самостоятельно он не имел права. Главнокомандующим оставался раненый Ф. И. Мстиславский, приказы о наступлении приходили из Москвы. Царь Борис хотя и не смог лично возглавить поход против своего соперника, но регулярно слал грамоты с различными указами. В итоге В. И. Шуйский со своими полками провел в бездействии остаток зимы сначала под Рыльском, потом – под Кромами. При осаде этих маленьких городков добиться успеха не удалось. Боевой дух царской армии упал, воеводы не желали проявлять какую нибудь инициативу, не надеясь получить от Бориса награду. Царь стал подозрительным и жаловал лишь любимцев и родственников.

Все кончилось тем, что 13 апреля 1605 года Б. Ф. Годунов внезапно скончался. На престол должен был взойти его сын, царевич Федор. Ф. И. Мстиславский, Василий и Дмитрий Шуйские тут же были отозваны в столицу, вероятно, для участия в коронации нового государя. Войско же оказалось без надежного руководства.

В Москве В. И. Шуйский вряд ли вошел в близкое окружение царицы Марии Григорьевны и нареченного царя Федора Борисовича. Первой был ближе муж ее сестры Дмитрий Иванович, второму были нужны не престарелые князья, а ровесники. Такой была традиция русского двора. Поэтому при составлении новых росписей полков взамен уехавших воевод вряд ли кто нибудь спросил совета у опытного князя Василия. Главнокомандующим назначили весьма кичливого М. П. Катырева Ростовского, вторым воеводой при нем – только что получившего боярство П. Ф. Басманова; полк Правой руки должен был возглавить князь В. В. Голицын, вторым при нем – князь М. Ф. Кашин; полк Левой руки – З. И. Сабуров, Сторожевой полк – князь А. А. Телятевский, зять С. Н. Годунова, главного царского наушника. Эта роспись оказалась настолько неудачной, что вызвала массовое местничество: З. И. Сабуров начал спорить и с В. В. Голицыным, и с А. А. Телятевским, полагая, что ближе всех по родству с новым царем; А. А. Телятевский по той же причине начал спор с князем В. В. Голицыным; М. Ф. Кашин – с П. Ф. Басмановым; П. Ф. Басманов – с А. А. Телятевским. Словом, воевать стало некому, все главные воеводы требовали суда из Москвы, где были заняты лишь приведением населения к присяге и подготовкой будущей коронации. Об угрозе со стороны Лжедмитрия, казалось, новый государь окончательно забыл. В итоге среди простых воинов началась смута. Некоторые бежали домой, другие предпочли перейти на сторону самозванца, очень щедрого на награды. Кроме того, они полагали, что служить «подлинному сыну царя Ивана Васильевича» – их долг, в этом они клялись когда то Ивану Грозному. Права Федора Борисовича на престол выглядели весьма сомнительными – его никто не избирал на царство. Все это привело к тому, что Лжедмитрий стал набирать силы. На его сторону переходили многие города, в армию вливались новые воины.

Находясь в Москве, В. И. Шуйский никак не мог повлиять на события в стране, хотя он прекрасно знал, что «царевич Дмитрий» – всего лишь авантюрист и обманщик. Русские люди уже не хотели знать правду и радостно «бросались в объятия» самозванца, по образному выражению писателя Смутного времени Авраамия Палицына. Князю Василию приходилось лишь философски взирать на все происходящее и ждать результата противоборства двух претендентов на царский престол. Мы не знаем, как он прореагировал на известие из под Кром о том, что царская армия перешла на сторону Лжедмитрия и арестованы немногие сторонники Федора Борисовича. Можем лишь догадываться о том, что он ничего не предпринял для спасения Годуновых, когда 1 июня против них началось восстание москвичей. Более того, по сообщениям некоторых иностранцев, именно Василий был повинен в том, что толпа расправилась с царем Федором и его родственниками.