Во времена Иннокентия римские епископы, принадлежавшие к великим династиям Вечного города, неминуемо втягивались в междоусобия аристократии и не могли не прибегать к помощи своих родичей. Римские бароны жили в самом Риме, как на своих горах, в укрепленных замках, снабженных для защиты огромными башнями. Иннокентию пришлось немало испытать от партии независимости в городе, руководимом домами Пьерлеоне и Капаччи. Когда за провинности Иннокентий повелел опустошить их владения, Пьерлеоне и их сообщники взбунтовали римский народ. Папе пришлось всенародно объяснять причины своих действий на общем народном собрании, и он выиграл дело.

В другой раз произошла кровавая распря между Орсини, родственниками предшественника Иннокентия, и Скотта, родными папы со стороны матери. Распря сопровождалась убийствами и взаимным разорением замков. Иннокентий поддержал своего брата Риккардо и, чтобы иметь опору в городе, помог построить ему громадную башню, превосходящую высотой все другие. В начавшемся после кровопролития гражданском процессе Риккардо и его сторонники были объявлены вне закона, а башня — собственностью народа. Весной 1203 г. папа вынужден был покинуть Рим; его отсутствие продолжалось целый год. За это время раздоры в Риме приняли такие масштабы, что римляне упросили Иннокентия вернуться. Папа сделал ловкий дипломатический ход, переманив на свою сторону Пьерлеоне. Однако оставшийся в одиночестве Капаччи продолжал возмущать народ. В этот раз Иннокентию помог муж его сестры Аннибальди.

В начале 1204 г. Иннокентий оказал услугу пятерым сыновьям Оддо Франджипани, принудив общину Террачину уступить им замок Траверса, но зато самую Террачину он взял под свою защиту от притязаний на нее этих баронов, которые за это на него озлобились. Как только они увидали, что Анибальди, зять папы, хочет проникнуть в круг их укреплений, они напали на него и градом метательных снарядов, бросаемых с вершины Колизея, мешали постройке его башни.

Хороший родственник, папа никогда не забывал о близких. Он старался учредить для своего честолюбивого брата Рикардо герцогское земельное владение, что ему и удалось вполне. Брат папы стал родоначальником графского рода Конти. Иннокентий планировал брачный союз между своим племянником, сыном Риккардо, и дочерью короля Филиппа Швабского. Папа надеялся получить в приданое за невестой Тоскану, Сполето и Анкону. В 1205 г. такое соглашение было заключено, но Филипп, сколько мог, противился его исполнению.

Иннокентий приложил много усилий, чтобы устроить брак двоюродного брата Трасмондо де Сегни с княжной Еленой, наследницей части Сардинии. Она и ее мать уже дали согласие, и кузен папы, «человек весьма благородного происхождения, известный своей мудростью, мужеством и добрым нравом», прибыл на Сардинию. Но, к несчастью, невесту перехватили у папы пизанцы, имевшие благодаря своему сильному флоту большое влияние на острове.

Таким образом, Иннокентий выступал как благодетель своего семейства. Однако нет ни одного свидетельства, чтобы он принес интересы Церкви в жертву многочисленным племянникам.

Иннокентию, автору трактата о тщете мира, были далеко не чужды мирские стремления. Свои притязания в качестве главы Церкви господствовать над всем христианским миром Иннокентий высказывал без обиняков, не стесняясь в выражениях. Его идеалом было непосредственное владычество папы в мире.

По мнению Альберта Гаука, автора монументальной истории Церкви, многие присущие Иннокентию недостатки вытекали из его высокомерия. В политике правдивость ему была неизвестна, он руководствовался только целесообразностью. Гаук писал: «Лицемерие и обман не были ему противны, когда могли быть полезны. Он извращал факты, когда это было ему нужно, и не отступал даже перед откровенной ложью».