В одной из своих проповедей Иннокентий жаловался: «Нас захватывают и отвлекают большие, тяжелые и разнообразные дела — дал бы Господь, чтобы они не были тщетны!» В письме другу он писал: «Я подавлен скоплением стольких процессов, опутан узами стольких дел… Предаваться созерцанию мне не дозволено, ибо даже дышать мне не дают. Я так отдан другим, что почти перестал принадлежать самому себе». Действительно, Жака Витрийского, историка и богослова, известного проповедника, поразило, что при римском дворе «люди были так заняты мирскими заботами, королями, государствами и тяжбами, что не позволяли даже заговорить о духовных делах».

Те новые монашеские ордена, которыми позже была осуществлена церковная реформа, встречали глубокое недоверие со стороны Церкви. В правление Иннокентия начал проповедовать Франциск Ассизский, чьи последователи-францисканцы в середине XIII в. станут страстно проклинать Римскую церковь, какой ее сделало папство.

Надо полагать, что такой умный и проницательный человек, как Иннокентий III, не мог не видеть, что клерикальная идеология несколько извратилась. Последним крупным актом его папствования был созыв Вселенского собора в Латеране в ноябре 1215 г., призванного исправить то, что нуждалось в поправлении.

На Собор съехались 412 епископов и 800 аббатов или приоров. Прибыли послы от всех европейских дворов. Собор принял 70 постановлений (канонов), осудивших лжеучения Иоахима Флорского, катаров и альбигойцев, определил наказание, которому должны были подвергаться еретики, и способ их передачи в руки светской власти, установил порядок старшинства патриархов и их отношения к Риму, обязал митрополитов ежегодно собирать синоды. Были определены порядок церковной дисциплины, избрания клириков, их нравов, епископских выборов и пр.; приняты меры относительно церковной юрисдикции, поскольку Иннокентий являлся великим юристом, что единогласно подтверждается всеми современниками.

Многие из постановлений Собора свидетельствовали о благородном и смелом уме, высоком представлении относительно влияния Церкви на общество, искреннем желании очистить нравы духовенства и сделать его по благочестию и просвещенности достойным своей роли. Эти намерения делают честь Иннокентию, но большая часть злоупотреблений клириков пустила слишком глубокие корни, чтобы постановления одного собора могли искоренить их.

Трудность заключалась не в неумении повести за собой массы. Было у Иннокентия красноречие, была и способность увлечься религиозным чувством, хотя нельзя сказать, что он являлся великим проповедником, — ему было далеко до Урбана II или Бернара Клервосского. Просто время реформ еще не наступило.

На соборе была выработана обширная программа предстоящего крестового похода. Новые пилигримы должны были двинуться в путь в мае 1217 г. Но Иннокентию не суждено было это увидеть.

Свидетельства о причинах смерти Иннокентия разнятся. Одни источники утверждают, что он стал жертвой малярии. Согласно другим сведениям, находясь в Перудже, пятидесятипятилетний папа сильно простудился, но продолжал заниматься делами. Еще одна версия предполагает, что он съел слишком много апельсинов, которые очень любил. Однако все единодушны в том, что вместо врачей он советовался по поводу своей болезни с астрологом Амброджио Веризе, человеком, по убеждению Иннокентия, весьма сведущим в медицинских вопросах.