Тем временем на юге Италии произошли перемены: последняя представительница нормандской династии королева Констанция Отвильская умерла, вверив папе опеку над сыном Фридрихом и его владениями. Этот ребенок по наследству от матери получил Сицилию и как единственный сын Генриха VI имел определенные права на немецкий престол. Но, чтобы обеспечить Фридриху сицилийскую корону, Констанция отказалась за него от Германии и империи.

В Германии образовались две партии: одна избрала королем Филиппа Швабского, брата Генриха VI, женатого на Ирине, дочери византийского императора, вдове сицилийского короля; другая — Отгона Брауншвейгского из дома Вельфов, сына Генриха Льва и английской принцессы Матильды. На стороне первого были воспоминания о его предках-императорах, их владения, поддержка большей части князей и короля Франции Филиппа Августа. Отгона поддерживал только его дядя Ричард Львиное Сердце. Филипп из-за принадлежности к дому Гогенштауфенов и своего характера внушал Иннокентию сильное недоверие. Двухпартийные выборы короля после смерти Генриха VI и обращение обеих партий к папе сделали Иннокентия протектором империи. Он приказал немцам признать королем Отгона. Одновременно папа освободил от клятвы верности приверженцев Филиппа. Оттон поклялся сохранять в целости «владения, регалии права Римской церкви, в том числе и наследство Матильды».

Имперские князья, сеньеры и некоторые архиепископы обратились с письмом к Иннокентию, спрашивая, «где он читал, чтобы его предшественники или их легаты вмешивались в избрание императора». Они напоминали ему, что, наоборот, «в силу старинной привилегии императорского престола» лишь ему принадлежит власть утверждать папские выборы. На этой новой стадии борьбы между папством и империей предметом спора являлся вопрос о самом происхождении той и другой власти.

В течение нескольких лет папа тщетно напрягал силы, поддерживая своего ставленника Вельфа. Но в 1206 г. Оттон потерпел поражение под Кёльном и потерял этот город, державший его сторону. Анархия в Германии достигла крайней степени, и вину за это возлагали на папу и на Церковь. Иннокентий III вынужден был уступить. В 1207 г. он заключил мир с Филиппом Швабским. Таким образом, брат Фридриха Барбароссы восторжествовал над папством. Но на вершине могущества он был убит пфальцграфом Виттельсбахом, которому отказал в руке своей дочери.

Если эта смерть стала торжеством Иннокентия III, то он был обязан этим случаю. Но папа умело воспользовался обстоятельствами. Он устроил брак Отгона с дочерью Филиппа, что привлекло на его сторону приверженцев Гогенштауфенов. Чтобы отблагодарить Иннокентия, Вельф сделал демонстративный жест: принял титул императора «милостью Божьей и папы».

Это не помешало ему нарушить все обещания и клятвы, данные своему благодетелю. Надев императорскую корону, Оттон превратился в гибеллина. Он овладел землями маркграфини Матильды и напал на владения сицилийской короны в Южной Италии.

В ноябре 1209 г. нормандско-апулийские бароны призвали императора Отгона, имевшего по линии матери нормандское происхождение, занять королевство, «так как на Сицилии имеет право царить лишь носящий императорскую корону». Оттон более не обращал внимания на папу и преследовал только собственную выгоду. Обманутый тем, на кого он возлагал такие надежды, Иннокентий признавал: «Многие поносят меня; они говорят, что я заслужил то, что терплю, что я собственными руками выковал меч, который теперь так жестоко ранит меня. Пусть ответит им за меня Всевышний, который знает чистоту моей души и который некогда сказал о самом себе: “Я раскаиваюсь в том, что создал человека”».

Лишенный своих светских владений, папа заключил союз с Филиппом Августом. «Не без стыда, — писал он французскому королю, — сообщаю я тебе о своих опасениях, ибо ты не раз предостерегал меня». С той же энергией, с какой раньше защищал Отгона, папа старался теперь создать коалицию против него.