На крайний случай Иннокентий хранил в запасе джокер — юного Фридриха Гогенштауфена.

Колебания в политике папы вызывали многочисленные нарекания. «Он, — говорили недовольные, — возбудил все эти раздоры, с чрезмерным жаром то поддерживая, то преследуя Оттона». Уже в 1211 г. папа вынужден был последовать совету короля Франции и направить свое выдающееся дипломатическое мастерство на достижение цели, которая несколько месяцев назад была воплощением его наихудших опасений: возведению на германский трон семнадцатилетнего Штауфена Фридриха.

Весной 1212 г. Фридрих явился в Рим и присягнул на верность Иннокентию III за Сицилийское королевство. Затем во главе небольшого отряда, счастливо избежав множество серьезных опасностей, он перешел Альпы и смело вступил в Германию. В Вокулере он подписал соглашение с Филиппом Августом против своего соперника Оттона и его дяди, английского короля Иоанна Безземельного. Затем, в декабре 1212 г., Фридрих Гогенштауфен был коронован в Майнце как король римлян.

Разбитый при Бувине Филиппом Августом, Отгон потерял последних своих приверженцев и умер в мае 1218 г.

Стремясь к власти, молодой Фридрих не скупился на обещания. Он подписал «Золотую буллу», в которой «во внимание к безграничным и неисчислимым благодеяниям своего защитника и благодетеля папы Иннокентия III», — обещал повиноваться Св. Престолу, подтверждал свободу церковных выборов и апелляций к папе, обязывался помогать понтифику против еретиков. Наконец, новый король признавал принадлежащими папскому престолу те земли в Центральной Италии, на которые тот изъявлял притязания. Чтобы не произошло объединения двух корон, германской и сицилийской, Фридрих издал декрет, согласно которому при венчании императорским венцом он должен передать корону сицилийского королевства сыну Генриху под протекторатом папы.

Иннокентий торжествовал, не подозревая, что через несколько лет этот питомец папства станет самым опасным его противником.

Пока же вырисовывалась перспектива собрать под эгидой Рима все страны христианского мира. Чувствуя себя господином Германии и Сицилии, папа сумел стать сувереном Скандинавских королевств, Португалии, подчинил своему политическому влиянию Венгрию, взял под свою руку Арагон, Каталонию и несколько южнофранцузских графств.

Нельзя сказать, что европейские монархи подчинялись Иннокентию безоговорочно. Когда он сделал попытку рассудить распрю Филиппа Августа с Иоанном Безземельным, французский суверен заявил, что папе «нет никакого дела до того, что происходит между королями». Тот же Филипп выговаривал Иннокентию за его неосмотрительную поддержку Отгона Брауншвейгского, угрожая «принять необходимые меры». В то же время папа успешно вмешивался в семейные дела французского короля и, когда тот отказался повиноваться, наложил интердикт на Францию. Английский король спорил с папой относительно замещения кентерберийской кафедры. И только в 1213 г., сломив Иоанна Безземельного, папа получил верховную власть над королевством Англия.

В Католической церкви того времени еще не был установлен догмат папской непогрешимости, и Иннокентий не только не предъявлял притязаний на нее, но в своих сочинениях прямо признавал себя «подлежащим суду Церкви в прегрешениях, касающихся веры, в прочих же грехах — ответственным перед судом Божьим».

Один из биографов Иннокентия, В. Герье, называет его «выдающимся представителем папского империализма, но с весьма симпатичными чертами».

Согласно укоренившейся традиции, историческая наука рассматривает Иннокентия скорее как символ, нежели живого человека с фамильными связями и родственными чувствами.