Содействие папы задуманному делу не ограничивалось материальными средствами. Его пламенные воззвания зажгли огонь веры во многих душах, и снова, как перед Первым крестовым походом, появились народные проповедники, одушевлявшие в пользу похода и толпу, и рыцарей. Лишь венецианцы, руководствующиеся исключительно практическими интересами, были начисто лишены религиозного рвения. Они не только выговорили себе громадную сумму за перевозку пилигримов морем в Святую землю, но задались целью использовать на пользу Республике Св. Марка силу крестоносного войска. Поскольку воины Христа не смогли выплатить оговоренную плату, дож Энрико Дандоло предложил им помочь покорить богатый торговый город Зару на далматинском побережье, счастливого соперника Венеции. И хотя жители христианской Зары вывесили на стенах распятия, город был принужден к сдаче и разграблен.

За это злодеяние Иннокентий предал венецианцев анафеме. Однако он не противился решению своих епископов, снявших с них отлучение, слишком дорожа самим предприятием, чтобы из-за досадного случая подвергнуть риску святую цель. Пожертвовав личным самолюбием, папа уступил в мало существенном, чтобы не нарушить планов, направленных на благо Церкви. Тем строже настаивал Иннокентий на необходимости отвоевания Святой земли.

Одновременно он делал попытки подчинить Риму Восточную церковь. В письмах к императору Алексею Ангелу папа доказывал целым рядом цитат из священных текстов, что тот может усилить свою державу лишь посредством объединения Восточной и Западной церквей. Он мягко пенял ему за то, что, во-первых, его государство не стремится к освобождению от неверных родины Христа; и, во-вторых, что вопреки словам символа веры «о единой святой католической и апостолической Церкви, греческие народы отступили от нее и сочинили себе другую Церковь, если только можно назвать Церковью то, что существует вне единой».

Ответ Алексея был очень обстоятелен, исполнен священных текстов, дипломатически любезен, но полон скрытых колкостей. Он напоминал о бесчинствах западных христиан в Византии во время Третьего крестового похода и выказывал скептическое отношение к унии. Призывая положиться во всем на волю Божью, он предлагал папе созвать Собор, уверяя, что Восточная церковь не преминет принять в нем участие. Еще более определенно высказался константинопольский патриарх. Он не скрывал недоумения по поводу того, что римляне считают свою Церковь общей матерью всех Церквей, тогда как по справедливости такой матерью следует считать Иерусалимскую церковь. В подтверждение сказанного он приводил главные события из жизни Христа и слова апостола Павла: «С Иерусалима начни и до Иллирии проповедуй Евангелие» (к Рим. XV. 15). Патриарх приводил еще один довод, и, может быть, главный к расколу между Церквами — преобладание на востоке светской власти над церковной.

Противоречия между Римом и Константинополем в мировоззренческих и богословских вопросах усугублялись династическими проблемами.

Алексей III Ангел получил престол, свергнув и ослепив брата, императора Исаака. Сын свергнутого, царевич Алексей, сумел бежать из Константинополя с помощью пизанских купцов, спрятавших его в бочку на своем корабле, и явился в Рим к Иннокентию. Как наследник императорского престола, он просил помощи для свержения дяди-узурпатора. К несчастью, узурпатор, предваряя претензии племянника, уже направил к папе послов с драгоценными дарами. Кроме того, родная сестра царевича Ирина была выдана за младшего сына Барбароссы, Филиппа Швабского. Усиление Гогенштауфенов не входило в планы папы. Поэтому он дал царевичу «надлежащий» ответ, и раздосадованный Алексей отправился к шурину в Германию. Там он был отлично принят и старался склонить вождей крестоносцев помочь ему занять византийский престол, обещая за это принять участие в крестовом походе, щедро отблагодарить их и всегда повиноваться Римской церкви.