Католическая церковь считает Иннокентия самым выдающимся папой Средневековья. Известный историк папства Леопольд Ранке писал, что истинным наследником завоевателя Генриха VI стал папа римский Иннокентий III.

Он родился в римском предместье Ананьи в знатном семействе Конти, известность которого уходила в баснословные времена. Предком нового папы был первый префект Рима Кресченций. Но впоследствии род Конти потеснили другие знаменитые римские фамилии: Орсини, Колонна, Франджипани, Савелли. Возвысить свой дом суждено было Джованни Лотарио. Умная и просвещенная мать Клариче из рода Скотта приходилась племянницей папе Клименту III. Она дала сыну возможность получить воспитание в школе Святого Иоанна Латеранского, которая в то время была центром подготовки католических проповедников. Лотарио продолжил образование в знаменитейших центрах средневековой культуры. Философско-богословское образование он получил в Париже, право изучал в Болонье. В 1187 г. при Григории VIII стал субдьяконом. Климент III в 1190 г., когда внучатому племяннику было 29 лет, назначил его кардиналом-настоятелем церкви в Риме. Лотарио много размышлял о принципах нравственности. Результатом раздумий явился морально-аскетический трактат «О ничтожестве человеческой судьбы и презрении к миру», написанный им в 1195 г.

Его таланты и склад характера вызывали такое восхищение, что, несмотря на то, что предшественник Целестин III держал его в отдалении от дел, и он еще не был возведен в сан, кардиналы почти не колебались. Они избрали римским первосвященником Лотарио, самого молодого члена кардинальской коллегии, которому исполнилось всего 37 лет.

22 февраля в древней базилике Св. Петра Иннокентий был возведен на апостолическую кафедру. После избрания его епископская митра была заменена тиарой; старший кардинал-дьякон набросил на плечи нового папы пурпурную мантию, наименовав его Иннокентием III. Кардиналы вместе с певчими провозгласили «Те Deum», во время которого их избранник лежал, простершись ниц перед алтарем. Затем его посадили позади алтаря, где все кардиналы по очереди лобызали его ногу и уста.

Во внешности нового папы ничто не поражало воображения. Это был человек среднего роста, довольно слабого сложения. Отличительные черты округлого лица составляли ровный прямой нос и большие глаза, форму которых подчеркивали выразительные дугообразные брови. На старинном изображении заметны оттопыренные уши и довольно высокомерное выражение молодого безбородого лица. На более поздних портретах Иннокентий вполне бородат и благообразен.

Едва вступив на папский трон, молодой понтифик, бодрый амбициозный прагматик, проявил себя как сторонник крайних притязаний папства. Он первый ввел новый титул папы — викарий Иисуса Христа. Ранее папа считался наместником св. Петра.

Не ограничившись заявлением с церковной кафедры в Риме, Иннокентий не замедлил оповестить о своих притязаниях на власть духовенство и мирян вне Рима. «Мы поставлены Господом, — говорил он, — над народами и царствами. Мы занимаем на земле место Христа и по Его примеру мы обязаны и хотим установить мир на земле». И в дальнейшем он твердо стоял на своем: «Римский первосвященник поистине называется наместником не простого человека, а истинного Бога. Ибо хотя мы и преемники главы апостолов, однако, мы не его и не какого-либо апостола или человека, но самого Иисуса Христа наместники».

Эти слова не остались бесплодной декларацией — всей своей жизнью Иннокентий утверждал господство Св. Престола над странами и коронами.

Чтобы папство могло истинно царить, оно должно было владеть столицей своего государства. Между тем в Риме соперничали две силы — префект города и коммуна. Уже через месяц после избрания Иннокентий с помощью тонкой дипломатии сумел подчинить их себе. Конечно, и в его правление в Риме вспыхивали мятежи, но в 1205 г.