Первые шаги его папствования сулили Церкви большие надежды. Казалось, Иннокентий сможет воплотить в жизнь мечту папы Григория VII о мировом господстве Рима.

Действительно, он осуществил все его идеалы, кроме инвеституры, и осуществил с невиданным блеском. Сцена в Каноссе повторилась со всей Европой, и Св. Престол распоряжался королевскими коронами, как неотъемлемым достоянием, и облагал податями суверенные государства, как свои ленные владения.

Он сумел вытеснить из Италии наместников-немцев, поставленных Генрихом VI, и привлек на свою сторону города признанием их муниципальных вольностей. Флоренция, Сиена, Лукка, Волтерра, Ареццо, Прато и другие города образовали Лигу, дружественную папе и враждебную империи. Иннокентий одобрил ее; он вернул себе домены, которые принадлежали в этих областях графине Матильде, организовал их администрацию и обеспечил защиту.

Иннокентий утверждал, что таинства веры не должны быть разглашаемы, поскольку не все способны их постигнуть. Он приказал епископам очистить папские города от овладевших ими еретических настроений, и достиг в этом успеха. Но там, где он мог полагаться лишь на духовную власть, ему приходилось нелегко. В Италии его увещевания пали на добрую почву. Гораздо сложнее оказалась борьба с ересью в Южной Франции, где вся аристократия была привержена новому вероучению.

Для борьбы с альбигойской ересью он призвал французского короля: «… чтобы не напрасно носить меч, возьмись за оружие и щит и воспрянь на защиту Того, чей хитон на Юге разодран». Но, прибегнув к помощи светского меча, папа прояснял, что «желательно не истребление еретиков, а их обращение», и был склонен пользоваться насколько возможно мягкими средствами.

Его настроение решительно изменило убийство близ Тулузы папского легата Петра Кастельно. Понтифик твердо уверовал, что в этом преступлении виновен граф Раймунд Тулузский. Он предал его анафеме и, объясняя свой образ действий в патетических письмах к другим суверенам, был настолько взволнован, что использовал предложения, включающие от точки до точки 207 слов.

Впоследствии с благословения папы цветущий альбигойский край был разрушен и его уникальная цивилизация уничтожена. Увлекаемые своими грубыми страстями и алчностью, сеньеры и авантюристы беспощадно резали, жгли и грабили, так что сам Иннокентий отшатнулся от их «подвигов», и совесть мучила его за это море пролитой крови. Но к этому бесчеловечному делу оказался более причастен преемник Иннокентия, Григорий IX.

Иннокентий стал крупнейшим явлением в истории Европы. Он поставил перед собой три важнейшие задачи: искоренение альбигойской ереси, крестовый поход, уния с православным Востоком. Его деятельность осуществлялась не силой, а волей: сохранилось 3702 его письма и иных писаных документов. Ответы или решения Иннокентия свидетельствуют, насколько выше современных ему иерархов стоял он в широком понимании церковных правил и обычаев. Так, архиепископу Безансонскому он указывал, что каноническими правилами воспрещено применять кипяток для получения показаний, хотя церковная практика широко использовала это безотказное средство.

Иннокентия, как и всю Европу, поразила удручающая весть, что Иерусалим отвоеван магометанами. Завоеванное франками «Иерусалимское королевство» не продержалось и ста лет. Разрозненные владения христианских правителей в Палестине не могли устоять против мусульман без помощи с Запада. Молодой и энергичный папа стал самым горячим поборником крестового похода. Уже во второй год понтификата Иннокентий своим постановлением превратил добровольное участие в подобных предприятиях в обязательную повинность. Он обложил все церковные учреждения католической Европы подоходным сбором в пользу крестового похода — сороковой частью их дохода за год. Не церемонился он и со строптивыми монархами и обязал их выплачивать на благую цель пятидесятую часть дохода.