Григорий IX (ок. 1141–19.31.227–22.8.1241), племянник Иннокентия III, в миру звался Уголино де Сеньи. Он был весьма ученым и образованным прелатом. Обучаясь в Парижском и Болонском университетах, Уголино с горячностью отдавался постижению занимавших его ум правовых дисциплин и теологии. По окончании учения он стал каноником церкви Санта-Мария ди Рено, затем папским капелланом и аудитором. С восшествием на папский престол его дяди, папы Иннокентия III, Уголино был возведен в достоинство кардинала-диакона, затем получил должность архипресвитера собора Св. Петра в Риме. В 1206 г. папа пожаловал ему достоинство кардинала-епископа Остии и Веллетри. Кардинал Уголино являлся ближайшим помощником Иннокентия III и выполнил ряд важных дипломатических миссий: в 1207 и 1209 гг. был направлен в качестве легата в Германию, чтобы разобраться в борьбе за императорский престол претендентов Отгона IV Вельфа и Филиппа Швабского, сына Фридриха I Барбароссы.

После смерти Иннокентия III кардинал Уголино способствовал избранию новым папой Гонория III, при котором также выполнял функции легата чуть ли не во всех городах Италии, где со свойственным ему пылом добивался поддержки нового крестового похода и заключения мира между коммунами. Выдающиеся личные качества и авторитет способствовали избранию его деканом коллегии кардиналов.

Высокородный граф Сеньи был тверд, бескомпромиссен, энергичен, страстен и обладал несомненным политическим даром. Человек умный и просвещенный, он славился чистотою своей жизни. Имя Григорий было принято им с намерением руководствоваться в своей деятельности заветами Григория VII.

Как и дядя, он был знатоком церковного права и соединял в себе теории великого родственника с настроениями пламенного и мрачного фанатика чистоты католической веры св. Доминика. По характеру политики Григорий IX был полной противоположностью своему предшественнику Гонорию III. Тот даже в делах ереси желал действовать «более убеждением, чем строгостью». Гонорий, правда, иногда произносил отлучения, но с готовностью снимал их; они никогда не служили в его руках орудием угнетения и насилия. Григорий был не таков: он не остановился бы ни перед какими насильственными мерами для торжества воинствующей Церкви. В его душе горело пламя того же огня, что и у Доминика; оно закаляло природную твердость его характера и делало его непреклонным и вызывающим, вплоть до проявления самого крайнего упорства, когда ему противоречили.

При этом его ум не был односторонним. Наряду с уважением Доминика Гусмана он почитал и кроткого Франциска Ассизского, проповедника простоты апостольской жизни. Еще в бытность кардиналом Григорий стал первым протектором ордена францисканцев, взял под опеку основанный Кларой Ассизской орден Кларисс и отстаивал независимость францисканских общин от местных епископов. Папа закрепил за собой исключительное право канонизации и в 1228 г. провозгласил святым Франциска Ассизского (булла «Mira circa nos»), в 1234 г. — Доминика Гусмана (булла «Fons sapientiae Verbum»), признал святыми Антония Падуанского и Елизавету Тюрингскую. Культ этих святых пользовался в Средневековье необычайной популярностью.

Покровительствуя развитию университетов, Григорий разрешил изучение Аристотеля, особенно в Парижском университете, которому буллой «Parens scientiarum» (1231) даровал право на автономию и различные привилегии. В 1234 г. папа утвердил пять книг декреталий, дополнявших Декрет Грациана и составивших часть канонического свода Католической церкви — «Corpus juris canonici», — действовавшего до 1917 г.

В характере этого гордого и неуступчивого старика было мало места мягким человеческим чувствам. Он посвятил себя беспощадному противоборству с любыми новшествами, которые стали появляться в католическом мире. В силу эдиктов Григория IX выслеживание еретиков становилось высшей обязанностью гражданина; каждый публичный или частный разговор о каком-нибудь догмате наказывался отлучением, как за преступление.