Но при поддержке гибеллинов Северной Италии император разбил ломбардцев при Кортенуове. Миланцы пытались сохранить хотя бы священное знамя, реющее над их знаменитой колесницей, но даже это не удалось. Фридрих провез его по Риму на слоне и поместил в Капитолии. Многие коммуны присягнули на верность победителю. На стороне папы остались Милан, Брешия, Алессандрия и Пьяченца в Ломбардии, а также Болонья и Фаэнца в Романье. Осажденная первой Брешия стойко держалась, а разразившаяся эпидемия вынудила Фридриха снять осаду. Ломбардцы вновь обрели надежду.

На защиту городов, как во времена Фридриха Барбароссы, выступило папство.

Григорий заявил, что Церковь не потерпит насилий над ломбардцами, которые отдались под ее покровительство. В письме Фридриху он требовал сохранить вольности ломбардских городов и, сославшись на Константинов дар, писал: «Ты подчинен контролю папы». Но «подчиненный» не внял пастырскому увещеванию и захватил земли Римской церкви, овладел Фолиньо, Витебро, Равенной и Фаэнцей.

20 марта 1239 г. папа во второй раз отлучил «Антихриста» от церкви. «И вышел из моря зверь, на головах его имена богохульные, с ногами, как у медведя, пастью, как у разъяренного льва, и телом барса. И отверз он уста свои для хулы на Бога… Взгляните на голову и тело этой бестии Фридриха, так называемого императора…» Используя замечание Фридриха о «трех мошенниках, Христе, Моисее и Магомете», а также его высказывание, будто Христос был зачат и рожден, как любой другой человек, папа провозгласил императора еретиком.

Однако ни германский клир, ни Франция не согласились с отлучением. Император же вел себя так, как будто никакого отлучения не было.

В таких условиях начиналась решающая фаза драматической борьбы за Рим. Фридрих, угрожая папе, продолжал победный марш через границы Папского государства. Монтефьясконе, Витебро, Орта, Сутри добровольно открыли ему ворота. Тиволи, всегда бывший свободной республикой и никогда не находившийся во владении баронов, перешел на сторону гибеллинов.

Уже в феврале 1240 г. Фридрих вступил в Церковную область, открыто заявив о своем намерении включить ее снова в состав империи. Доподлинно известно, что среди знатных родов Рима у Фридриха было много сторонников; существовала и сильная проимператорская партия под началом сенаторской семьи Колонна. Их политика являлась протестом против властолюбия Григория.

Папа затворился в замке Св. Ангела. С ним оставались лишь несколько приверженцев. Но старый, неукротимый борец еще пылал священным огнем: он никогда не колебался, никогда не сомневался в божественном происхождении своей миссии.

Рим радостно готовился к встрече императора, улицы украсили лавровыми ветками, люди плясали и ликовали. Сторонники Фридриха подкинули папе язвительные вирши, пророча скорое падение его власти. Папа отвечал тоже в стихах, что Господь не позволит потопить ковчег св. Петра и жестоко отомстит оскорбителям. Римляне упивались глумлением над стариком, а он не устрашился выйти к ним из ворот крепости Св. Ангела. Язвительным насмешкам народа он противопоставил духовность Римской церкви, воплощенную в реликвиях. «Я могу не больше, чем любой другой человек, — произнес он, — но я не спасаюсь бегством, ибо ожидаю милосердия Божьего». С этими словами он снял тиару, бережно возложил ее на реликварий, где находились частицы от креста Иисуса и головы апостолов Петра и Павла. «Вы, святые, спасите Рим, ведь римляне не хотят более его защищать». И внезапно толпа склонилась перед папой, казавшимся почти столетним, и невольно внушающим благоговение. Римляне разодрали императорских львов, уже нашитых на их одеждах. Они снова подчинялись папе и готовы были защищать Рим и Церковь.

Христос изгнал Цезаря. Император и его войско отступили от стен Рима.

Используя нежданно полученное преимущество, Григорий решил созвать Собор.