Однако через 18 дней после избрания новый папа скончался, унеся с собой все надежды, которые успел внушить началом своего понтификата.

Между двумя партиями кардиналов, стоящими, соответственно, за мир и за войну с императором, сразу же разгорелись долгие прения по поводу двух третей голосов для одобряемых ими кандидатов в папы. В 1241 г. Папское государство было оккупировано императорскими войсками. Фридрих пытался силой склонить кардиналов к выбору угодного ему наместника св. Петра, но воспоминания о первом «конклаве» действовали столь угнетающе, что, не желая повторения, прелаты поспешно разъехались.

Интеррегнум длился почти два года. Только в июне 1243 г., после того, как Фридрих устроил две внушительные демонстрации военной силы в Папской области, в результате долгих переговоров, в Ананьи состоялись новые выборы. Необходимое большинство голосов получил Синибальдо де Фиески, граф Лаванья, происходивший из зажиточного рода пармских феодалов. Под именем Иннокентий IV (25.6.1243–7.12.1254) он вступил на апостольский престол, откуда ему суждено было править христианским миром без малого одиннадцать лет.

Детство и юность Фиески прошли в Генуе. Получив юридическое образование, он приобрел известность как выдающийся теолог, юрист и проповедник. С 1218 г. будущий папа занимал видные посты в Римской курии. С 1228 г., уже будучи кардиналом, Фиески принял должность вице-канцлера Церкви, а в 1235 г. был назначен епископом Альбенги. Было известно, что он принадлежал к партии мира и находился в приязненных отношениях с императором.

Однако надежды Фридриха на лояльность папы очень быстро рассеялись. Выяснилось, что даже выбор папского имени символичен. Новый понтифик не только принял программу всех властных притязаний Иннокентия III и Григория IX, но даже расширил ее. А император вместо горячего и страстного, но открытого и честного врага получил злокозненного и хитрого недоброжелателя.

Фридрих едко пошутил, что потерял друга, поскольку ни один папа не может быть гибеллином. Действительно, холодный, высокообразованный светский юрист Иннокентий IV повел самую непримиримую и последовательную борьбу против Фридриха и всего рода Гогенштауфенов — «рода гадюк».

Император не сразу осмыслил, какого опасного противника он приобрел. Даже кровавая расправа над штауфенским гарнизоном в крепости Витербо — город внезапным налетом был отбит у императора кардиналом Райнеро Витербским, его смертельным врагом, во время мирных переговоров — прервала переговорный процесс лишь на время. Но постепенно жестокая истина раскрылась ему.

Папа отчетливо осознавал опасность для Св. Престола и для него лично, исходящую от императора. В конце 1244 г. он переодетый бежал в Чивитавеккью, а оттуда морским путем — в свой родной город Геную. Там его сразила тяжелая болезнь, и он несколько месяцев был прикован к постели. Бегство папы было мастерским ходом, благодаря которому действие великой драмы повернулось в его пользу. Оно выставило Фридриха гонителем, а Иннокентия мучеником. Гонимый папа, благодаря своему увенчанному счастьем мужеству, предстал и энергичным человеком. Этот неожиданный поступок произвел во всем мире глубокое впечатление и больше повредил престижу Фридриха, чем могло бы сделать проигранное сражение.

Противостояние папы и императора происходило на фоне неустройств в Германии. Старший сын императора Генрих копил в душе недовольство отцом, который, по его мнению, должен был полностью устраниться от управления империей и остаться правителем только Сицилии и Апулии. Он поднял восстание против Фридриха, был разбит и взят в плен; отец продержал его в заточении до самой его смерти.

Тем временем Иннокентий, немного оправившись, в сопровождении своих двоюродных братьев отплыл в Лион. Оттуда он разослал (1245) приглашения духовенству явиться на Собор для обсуждения различных вопросов: опасности грозившего монгольского нашествия, еретичества, бедствия, постигшего Иерусалим, который вновь попал под власть неверных, а также его распрей с Фридрихом, которого он даже не называл императором, а просто «princeps».