В Италии известие о низложении императора была оставлено практически без внимания. Однако в Германии благодаря деятельности направляемых папой нищенствующих орденов, агитирующих против «антихриста», враги Гогенштауфенов приободрились. Они избрали антикороля Генриха Распе, а после его смерти — Вильгельма Голландского. Однако эти марионеточные короли не обладали ни властью, ни авторитетом, а у императора имелся законный наследник Конрад IV, поддерживаемый сильной партией.

Император не оставил без ответа решение Собора. В циркулярной ноте к князьям и государям он опроверг возведенные на него обвинения в еретичестве и смертных грехах и заимствовал у еретиков оружие, которого Западная церковь более всего опасалась. Он указал на извращение деятельности духовенства и на слишком большое увлечение Церкви мирскими делами, ее заботе, главным образом о накоплении громадных богатств. Он, не стесняясь, говорил о том, что всегда намеревался и теперь считает необходимым низвести духовенство до смирения, в каком некогда пребывали апостолы и вся ранняя Христианская Церковь.

И здесь Фридрих нашел поддержку, откуда не ждал. Доминиканец по имени Арнольд выступил с двумя сочинениями в поддержку реформы Церкви, в которых называл Иннокентия IV подлинным Антихристом, а Фридриха — его «праведным гонителем, защитником истинной Церкви».

Людовик Французский с отвращением наблюдал за войной между «двумя мировыми столпами». Полный религиозного пыла король, одержимый стремлением освободить Святую землю, пламенно желал мира в Европе. Кроме того, ему претила мысль о низложении помазанного монарха. Он решительно не одобрял поведение папы и обратился к нему с просьбой отменить лионское решение. Во Франции многие бароны вступили в союз для защиты от посягательства Церкви на светские права. Герцог Бургундский и граф Бретонский заявили, что они требуют обратно отнятую у них клиром судебную власть и настаивают на возвращения разбогатевшего вследствие своей алчности духовенства к бедности первобытной Церкви.

Одновременно и английское духовенство высказало папе свое неодобрение.

Иннокентий оказался в сложном положении. Ему не хотелось иметь в числе своих врагов, наряду с империей, Францию и Англию. Но не мог же он пойти на попятную. Летом 1245 г. Иннокентий заявил, что примет решение на Пасху 1246 г.

Отсрочку папа вытребовал не зря: время, отведенное на размышления, он посвятил организации покушения на жизнь Фридриха. В заговоре участвовали ближайшие соратники императора во главе с зятем папы, Орландо ди Росси. Заговорщики должны были умертвить Фридриха, его сына Энцио и зятя Эдзелино ди Романе Одновременно Райнеро Витербский планировал захватить Сицилию. Но, как всегда, нашлись предатели. Переворот Иннокентия не удался. Однако папа и его сторонники не оставили своих замыслов. Гвельфы под началом Орландо ди Росси захватили верную императору Парму (1247). Им на помощь Иннокентий послал старого врага Фридриха, военачальника и легата Григория Монтелонго. В конечном итоге именно Монтелонго способствовал разгрому под Пармой, самому тяжкому поражению императора. Исправить впечатление не помогла и гибель в ходе военных действий Орландо ди Росси, по словам Фридриха, «нашего отъявленного давнего предателя, альфы и омеги враждебной нам партии», которого буквально рассекли на части.

Иннокентий организовал новое покушение на жизнь императора.