Иннокентий организовал новое покушение на жизнь императора. Подкупленный папским легатом личный врач Фридриха приготовил для него отравленную микстуру, и только стечение обстоятельств спасло жизнь пациента. Врач сознался во всем и выдал бумаги, подтверждающие ведущую роль папы. В манифесте, изданном императором, тот рассказывал об этом злодействе святого отца и заявлял о своем намерении «дать нашей матери Церкви более достойного руководителя».

Общество глубоко потрясла попытка папы отравить Фридриха. Авторитет понтифика опасно пошатнулся. Людовик Французский отправил из Акры к папе своего брата с требованием заключить мир с Фридрихом, ибо только его влияние на Востоке могло спасти Гроб Господень. В противном случае король грозил изгнать Иннокентия из Лиона.

Нечеловеческая ненависть Иннокентия к Фридриху II осталась в веках. Один из современников борьбы папы и императора замечал, что, перечитав множество летописей, он нигде не нашел такой упорной, такой ожесточенной злобы. Понтифик не собирался менять свою политику, недвусмысленно заявив одному из приближенных кардиналов: «Не бывать тому, что подобному человеку или его змеиному отродью и далее будет оставлен скипетр правления христианским народом!»

Иннокентий в 1249 г. придал кардиналам, выбирающим папу, особое положение. Они получили преобладание над епископами и архиепископами и даже патриархами. В знак отличия папа даровал им знаменитую «красную шапку». Скоро все облачение кардиналов стало красного цвета — так называемый «пурпур кардиналов».

Противостояние между «двумя мировыми столпами» вступило в решающую стадию, но 13 декабря 1250 г., в разгар борьбы, Фридрих умер. Глава Римской церкви с торжеством, мало подобающим наместнику Христа, восклицал по этому случаю: «Да возрадуются небеса и пусть трепещет от восторга вселенная!»

Владение империей и одновременно итальянскими землями погубило Фридриха II. С одной стороны, итальянские города, с которыми он боролся, возненавидели его как немца и как тирана и сплотились вокруг Св. Престола. С другой — могущественные князья Германии стремились сделаться самостоятельными государями и желали падения императора-итальянца.

Смерть и завещание Фридриха возвратили Церкви многие ее права, но не удовлетворили папскую курию, которая теперь стремилась стереть с лица земли весь штауфенский «род еретиков и антихристов». Войска папы под предводительством воинственного Райнеро Витебровского безжалостно вырезали отряды немцев, находившихся в Центральной Италии. Иннокентий IV не признал сына Фридриха Конрада IV германским королем и организовал покушение на его жизнь. Только благодаря недоразумению молодой Гогенштауфен избежал удара кинжалом, нацеленного клириками, но были убиты его внебрачный сын вместе с матерью.

19 апреля 1251 г. Иннокентий вернулся в Италию, но увидел совсем не ту страну, которую он покинул. С горечью он должен был признать, что великая цель Гильдебранда и Иннокентия III — привести весь итальянский полуостров под пастырский жезл св. Петра — оказалась недостижимой. Папа отправился дальше в Перуджу, чтобы собрать силы для покорения Вечного города и в октябре 1253 г. вошел в Рим. Там он, однако, продержался недолго: вскоре его изгнали восставшие горожане.

Угрожая папе, Конрад Гогенштауфен завоевал почти всю Южную Италию. Он уже планировал двинуться на север, чтобы навести порядок в Германии, когда 21 мая 1254 г. умер в военном лагере на границе Апулии. Иннокентий тут же пустил слух, подхваченный гвельфами, о том, что брата погубил побочный сын Фридриха, Манфред, приказав своему приспешнику-врачу поставить несчастному отравленный клистир. Лишь после смерти Конрада IV Иннокентий признал королем Сицилии его сына Конрадина под опекой дяди Манфреда. Обращение Елизаветы Баварской, вдовы Конрада IV и матери Конрадина, с просьбой принять мальчика под свое покровительство — аналогичное тому, с каким пятьюдесятью годами ранее к Иннокентию III обратилась Констанция Отвильская, — папа презрительно отверг.