Впрочем, на Вселенский собор собралось всего около 150 делегатов; большинство представителей немецкого и итальянского духовенства не явились на призыв папы.

Пятидесятилетний император, находящийся на вершине успехов, верил в свою звезду и надеялся на приемлемый компромисс. Он принял только одну меру предосторожности: послал на Лионский собор надежнейшего из своих приверженцев, Таддея из Сессы, обладавшего необыкновенным даром красноречия. Тот должен был озвучить обещания императора: присоединить к папским владениям Византию, полностью подчинить Римскую область, принять на себя тяжкий труд освобождения Святой земли от неверных. Таддей Сесский сообщил, что английский и французский короли готовы поручиться за его господина. Но папа воскликнул: «О, сколько, сколько было уже обещано и никогда ни к какому сроку не выполнялось!» и отклонил все заманчивые обещания императора, особенно ручательство королей. При этом он тонко заметил, что император, пожалуй, и «их подведет под духовное наказание, и тогда папе придется иметь дело уже не с одним врагом Церкви, а с тремя».

Проповедуя крестовый поход против Фридриха, он не только обещал прощение таких грехов, как отцеубийство, но объявил владения своего соперника вне закона, призывал грабить и разорять их и грозил за отказ адскими мучениями за гробом и жестокими наказаниями на этом свете. «Города, — писал он, — потеряют свои привилегии и вольности, дворянство — владения, духовенство — сан; отказавшиеся от похода не могут быть свидетелями в суде, давать присягу, получать наследство». Наконец, чтобы не отвлекать силы от этой ожесточенной борьбы, он запретил проповедовать крестовый поход в Палестину и приказал уже отправившимся туда крестоносцам вернуться назад и принять участие в походе против императора.

Таким образом, речь шла вовсе не о христианстве, не о решении церковных проблем, а о делах чисто политических. Все остальные вопросы были на Соборе отодвинуты на второй план, и папа, упоминая о язвах, раздиравших Церковь, главным образом напирал на те «невероятно дерзновенные поступки» императора, которыми, по его словам, были потрясены основы Церкви. При этом он пригрозил проклятием каждому, кто задумал бы противоречить ему, как, например, патриарх Аквитанский, дерзнувший напомнить, что «мир покоится на двух столпах — папе и императоре».

Уже на третьем заседании собора Иннокентий по-прокурорски перечислил все вины и смертные грехи Фридриха, не забыв особо подчеркнуть «кощунственное» пленение прелатов, плывших из Генуи в Рим. На этом основании он потребовал низложения императора и был поддержан большинством епископов. После принятия этого решения все присягавшие императору в верности освобождались от данной ими присяги. Папа объявлял: «Те, кому о том ведать надлежит, могут избрать ему преемника в империи, а по отношению к королевству Сицилийскому мы поступим по нашему собственному усмотрению». Иннокентий не скрывал, что желает полного уничтожения Гогенштауфенов как в Германии, так и в Италии.

После решения основной задачи — отлучения императора — можно было перейти к другим темам, в том числе теоретическим. Иннокентий внёс определенный вклад в теорию права, выдвинув идею о том, что корпорации являются «фиктивными лицами». Отвечая на вопрос о том, можно ли отлучить от Церкви корпорацию, папа заявил, что всякое отлучение распространяется на душу и совесть и что поэтому не могут быть отлучаемы от Церкви корпорации, у которых нет ни души, ни совести, ни воли, ни сознания и которые являются лишь отвлеченными понятиями (nomen intellectuale), правовыми наименованиями (nomina sunt juris), фиктивными лицами (persona ficta).