В 1278 г. в битве у Сухих Крут армия Рудольфа I разбила чешские войска. Отакар сражался до конца и погиб в битве. Его смерть привела к переходу австрийских земель под власть дома Габсбургов и усилению этой южногерманской династии.

Исполняя волю своего друга папы Григория X, Иоанн поставил задачей организовать новый крестовый поход. Считая главным препятствием для этого спор между Альфонсом Кастильским и Филиппом III Французским о наследовании в Кастилии, Иоанн много трудился для его прекращения. В Париж он отправил легатов с самыми обширными полномочиями. Однако, несмотря на предпринимаемые усилия, противостояние затянулось.

Под влиянием Карла Иннокентий V несколько ужесточил свою дипломатию в отношении Константинополя. Иоанн XXI вернулся к более мягкой политике Григория X. Его дипломатия склонила императора Михаила, его сына и наследника Андроника, патриарха Иоанна Векка и всех его епископов подписать документ, подтверждающий их веру в превосходство папского престола, и обязаться добавить «филиокве» к «Символу Веры». Но формулировка не была такой четкой, как желали бы в Латеране, и ходили слухи, что подписи многих епископов не были подлинными. Однако папа был удовлетворен и запретил Карлу предпринимать военные действия против Константинополя.

Иоанн XXI приказал пристроить новое крыло к папскому дворцу в Витебро. По-видимому, работы были выполнены небрежно. В ночь на 12 мая 1277 г. на Иоанна обрушился потолок его новой спальни. Он получил тяжелые ранения и умер восемь дней спустя, не пропапствовав и года.

Необыкновенный характер его смерти способствовал укреплению наивного суждения о нем как о волшебнике. Впечатлительные хроникеры говорят об Иоанне XXI как о великом маге; они называют его «одновременно и глубоко ученым и безрассудным, мудрым глупцом на папском престоле, человеком без приличия и достоинства, любившим науку и ненавидевшим монахов». Не хватает данных источников, чтобы прокомментировать эту характеристику. 

Когда папа скончался, Карл лежал больной в Апулии. Здоровье не позволяло ему поспешить на север, но он надеялся, что выборы нового понтифика будут отложены. На момент смерти папы только восемь кардиналов-выборщиков находились поблизости от Витебро. Они не могли прийти к соглашению в течение полугода, пока разгневанные жители не заперли их в папском дворце, дав понять, что желают избрания итальянца. Французские кардиналы смирились; избран был Джованни Гаэтано Орсини, уже давно бывший старейшим кардиналом среди своих собратьев.

Орсини, взявший имя Николай III (ок. 1216–25.11.1277–22.8.1280), был сыном знаменитого при Фридрихе II сенатора Маттео Робеуса, который впервые «запер на ключ» выбиравших папу кардиналов. Его мать Перна принадлежала к аристократическому роду Гаэтани. Орсини еще с конца прошлого столетия занимали высшие места в Церкви и в республике. В молодости Джованни Орсини был назначен кардиналом-диаконом собора Св. Николая и великим инквизитором Католической церкви. Он получил кардинальский сан от Иннокентия IV в 1244 пив коллегии возглавлял умеренную гвельфскую антифранцузскую партию.

Заняв престол св. Петра, Николай доказал, что сильнее, чем Риму, он предан только своей семье. Со времен Иннокентия III он первым из наместников св. Петра стал раздавать членам рода Орсини княжеские владения даже за счет церковного государства. Если бы он успел выполнить свой план — превратить Италию (кроме Церковной области) в три королевства: Сицилию, Ломбардию и Тоскану, то в двух последних сделал бы королями своих родственников. Именно Николай возродил непотизм — язву более поздних времен Церкви.

В сущности, этот папа был могущественным римским магнатом, исполненным королевского величия, совершенно по-светски настроенным, полным любви к родному городу и ненавидевшим распоряжавшихся в нем чужестранцев.