Нравственное падение папства неминуемо должно было вызвать реакцию.

В 1038 г. императору Конраду II наследовал его сын — Генрих III Черный (1039–1056), в мировоззрении которого присутствовали возвышенные идеалы, чего абсолютно не было у практичного Конрада.

Переход власти совершился спокойно: 22-летний принц давно уже был посвящен в дела правления и пользовался общим доверием. Он был хорошо воспитан и получил наилучшее по тому времени образование. Его отец чтил ученость, поскольку сам был далек от нее. Сын, как друг клюнийцев, воспитанный духовенством, искренне хотел реформировать престол св. Петра. Говорили даже, что только ради исполнения этой цели он отказался от намерения удалиться в монастырь и сделался государем. Но на троне его мысли приняли несколько иное направление, он очень внимательно следил за равновесием сил в империи и не позволял особенно возвышаться стремящимся к власти феодальным родам. Чтобы сокрушить могущество Лотарингского дома, в то время единственного, который мог соперничать с правящей династией, Генрих разделил Лотарингию на Верхнюю и Нижнюю, отдав в 1065 г. первую Готфриду Бородатому.

Другим направлением действий Генриха III стало проведение церковной реформы в интересах светской власти. По его убеждению, папу должен был назначать император как представитель всех христианских избирателей. Это значило поставить римского епископа в полную зависимость от немецких правителей. С таким решением церковного вопроса не желали и не могли согласиться вожди чисто религиозного направления церковной реформы, во главе которых встал монах Гильдебранд.

Биограф Генриха III приписывает ему все добродетели христианского государя, однако в начале своего правления он также прибегал к услугам порочного Бенедикта IX. Это касалось главным образом вопроса, связанного с его женитьбой на Агнессе, дочери герцога Аквитании и Пуату Вильгельма V. Этот союз должен был послужить сохранению мира на западе и обеспечению власти Генриха над Бургундией и Италией. Король французский дал согласие на брак, но крайне неохотно. Протесты аббата Зигфрида Горцского по поводу близкого родства жениха и невесты — оба являлись потомками Генриха I — не были приняты во внимание. Бенедикт IX, подчинившийся королю Генриху III точно так же, как его предшественник подчинялся его отцу, через двух своих легатов санкционировал этот не соответствующий церковным канонам брак. Так же покорно папа благословил военную кампанию Генриха против Венгрии в 1044 г.

Поддерживая императора в незначительных вопросах, Бенедикт IX, тем не менее, проводил довольно самостоятельную церковную политику. Так, например, на синоде, собранном в апреле 1044 г., он отменил решение своего дяди папы Иоанна XIX относительно Аквилейского патриархата, принятое под давлением императора Конрада II. Несмотря на свои сомнительные моральные устои, Бенедикт IX стремился укрепить дисциплину и благочестие Церкви. Он брал под защиту некоторые монастыри, которые порой испытывали притеснения от местного епископата. Иногда он прислушивался к советам Петра Дамиани: например, отлучил от церкви нескольких епископов, обвинённых в симонии.

Племянник Бенедикта VIII, папа по его примеру принимал участие в жизни Церкви не только в Италии. По его инициативе в 1037 г. состоялась встреча епископов Вьенна, Безансона и Лозанны, на которой обсуждались достижения Божественного перемирия. В октябре 1040 г. Бенедикт IX лично отправился в Марсель для ведения переговоров о распространении Божественного мира. Он занимался церковными вопросами и в Германии. Ему пришлось также решать спор между поляками и чехами, похитившими из Гнезно мощи св. Войцеха (Адальберта).

За время первого понтификата Бенедикт IX совершил две канонизации. К лику святых им были причислены аббат Адалард, умерший в 826 г., и современник, монах Симеон, живший отшельником в «Porta Nigra» в Трире. Известны имена тридцати восьми кардиналов, назначенных Бенедиктом IX.