Низложение папы Григория VI осуждалось многими современниками. Анонимный автор писал: «Этот презренный, ненавистный Богу император, несмотря на запрещения святых, дерзнул низложить того, кого не имел права избирать, и избрал того, кого ему нельзя было низлагать».

И когда Джованни Грациан скончался, многие искренне оплакивали этого самоотверженного и честного понтифика.

На место трех негодных пап Генрих назначил своего друга и земляка Судгера (или Свитгера), графа Шидгера, Морслебена и Горнбурга, епископа из Бамберга под именем Климента II (25.12.1046–9.10.1047). Судгер был видным немецким иерархом, имевшим за плечами огромный опыт церковного служения. До избрания на папский престол он в течение пятидесяти лет носил сан кардинала, будучи возведен в это достоинство еще папой Григорием V в 996 г.; епископом Бамбергским он стал в 1041 г.

Судгер участвовал в церковном синоде Сутри, который низложил бывших пап. Сам он не стремился занять Св. Престол. Рассказывали, что пришлось даже прибегнуть к силе, чтобы облачить его в папские ризы. Выборы Климента были позже раскритикованы партией реформ из-за причастности к ним короля и того факта, что новый папа уже был епископом другой епархии. Вопреки более поздней практике Климент управлял и Римом, и Бамбергом одновременно. Он увенчал Генриха и Агнессу короной римских императоров. При этом в соборе читалась такая молитва: «Господи, ты сотворил Римскую империю для распространения Евангелия вечного Царства Твоего; даруй небесное оружие служителю Твоему, нашему императору!»

Молитвы папы могли очень пригодиться Генриху. Как раз в это время, объединившись с графом Голландским, возмутился герцог Нижней Лотарингии Готфрид. Граф Фландрский принял их сторону. Фризы все как один взялись за оружие, восстали против немцев и изгнали их из своих земель.

Несмотря на эти и многие другие трудности политического характера, император продолжал поддерживать реформаторскую деятельность папы. Климент II уже в январе 1047 г. созвал первый Собор, направленный против симонии; здесь же он канонизировал благородную монахиню Вибораду, которой приписывали пророчество о нашествии венгров. Благодаря предсказанию удалось спасти от разорения библиотеку монастыря Святого Галла. Но во время нашествия дикие мадьяры зарубили Вибораду топором. Тело мученицы было торжественно похоронено 8 мая 926 г. в ее собственной келье.

Затем Климент II отправился вместе с императором Генрихом в Южную Италию, а уже летом 1047 г. с пастырским визитом двинулся на север Италии. Однако в сентябре он тяжело заболел малярией и скончался в монастыре Святого Фомы недалеко от г. Пезаро.

Климент II остался в памяти Церкви как честный человек и справедливый правитель. Несмотря на весьма преклонный возраст, он прославился своей эрудицией и умом, но короткий срок понтификата не позволил ему в полной мере использовать их во благо Римской церкви.

Проведенное в наши дни исследование останков Климента показало наличие в них соединений свинца, что отчасти подтверждает средневековое предание об отравлении папы свинцовым сахаром. Впрочем, в те времена это вещество использовалось в качестве лечебного средства. Тело папы привезли из Италии в его старую епархию Бамберг — он стал единственным папой, похороненным в Германии.

Получив известие о кончине Климента II, сторонники Тускулумского дома снова провозгласили в Риме папой Бенедикта IX (8.11.1047–17.7.1048), вступившего на Св. Престол уже в третий раз. О ненавистном Бенедикте поговаривали, что он отравил Климента II, но это не помешало ему вновь возглавить Церковь. Кардинал Бароний писал о временах Бенедикта IX: «В то время католический мир так слушался Римской Церкви, что не отказывал в почитании и чести любому, кто сидел на Престоле Петра, потому что смотрел не на того, кто занимал его, а, прежде всего, на того, кого он замещал».