На какое-то время церковные дела пошли лучше. Но своей деятельностью он восстановил против себя баронов-разбойников, привыкших к полной безнаказанности. Римские вельможи, считавшие себя потомками тех, кто некогда носил тогу и занимал курульные кресла в Сенате, рассчитывали вернуть себе хотя бы частично свой былой статус.

Как только деньги бескорыстного папы кончились, от него отвернулось большинство римского духовенства, привыкшего к щедрым подачкам. Меркантильная римская чернь тоже отхлынула от его оскудевшей руки. Бывший папа Бенедикт IX, поселившийся как частное лицо во владениях Тускулумского рода, через несколько недель после свадьбы охладел к жене, раскаялся в своей опрометчивости и снова предъявил претензии на римскую кафедру. Григорий, чьи выборы при всех его реформаторских устремлениях сильно попахивали симонией, не посмел сопротивляться. В Риме оказалось три папы: один в соборе Св. Петра, другой в Латеранском дворце, третий — в церкви Св. Марии Маджоре.

Более глубокого нравственного падения понтификов еще не знала церковь. Один из последующих преемников пылкого папы, аббат Дезидерий, вполне убежденно заявлял, что на кафедре римского епископа в облике Бенедикта IX восседал сам дьявол.

Лучшие граждане Рима остались на стороне Григория VI, но они составляли ничтожную часть среди сребролюбцев и интриганов.

В таком состоянии дел всякая реформаторская деятельность прекратилась.

Римские клирики, сторонники реформирования Церкви, в отчаянии обратились за помощью к Генриху III. Молодой правитель рассматривал грязные дрязги в Риме как оскорбление всему христианскому миру. К тому же он находился под влиянием своей второй жены Агнессы Пуату. Ее отец, Вильгельм Аквитанский, богатый и могущественный герцог, являлся одним из главных покровителей Клюнийского движения. Вслед за новой родней Генрих проникся идеями о необходимости морального преобразования общества. С торжества бракосочетания с Агнессой, проходившего в 1043 г. в Ингельхайме, он изгнал шутов и музыкантов, стремясь подчеркнуть высокий смысл брака в противовес мирскому его восприятию.

Поддавшись религиозному настроению, Генрих объявил на синоде в Констанце, что прощает всем своим врагам и отменяет наложенные на них наказания. Император принял также мысли клюнийцев о реформе Церкви и прекратил продажу епископских мест, то есть отступился от симонии, которую так охотно применял его отец, корыстолюбивый Конрад П. Однако он решил провести церковную реформу в интересах светской власти и полностью удержать за собой право назначать епископов и самого главу их, римского папу. По его убеждению, в подобном случае император стал бы выступать как представитель всех христианских избирателей.

Осенью 1046 г. Генрих III отправился в Италию, где 20 декабря собрал Собор в Сутри. На этом Соборе папа Григорий VI признался в том, что фактически купил престол св. Петра. Возмущенный император низложил всех трех соперничающих пап.

Бывшие папы Бенедикт IX и Сильвестр III были приговорены к лишению церковного сана и заключению в монастырь. Папа же Григорий VI лишь низведен с римской кафедры. Император заставил его униженно каяться перед собором: «Я, Григорий, раб рабов Божиих, признаю себя недостойным сана первосвященника вследствие позорной симонии и продажности, которая кознями дьявола, извечного врага человечества, проникла в дело моего избрания на Святой Престол».

Развенчанный Григорий VI вынужден был последовать за императором в Германию, по существу, в изгнание. Имеются сведения, что он скончался в Кёльне в ноябре 1047 г. По другой, не менее основательной версии, низложенный понтифик отправился в монастырь Клюни, где и провёл остаток жизни в молитвенном уединении.

Но его кратковременное пребывание на папском престоле не было бесплодным. Оно наметило возвращение наследства Св. Престола и восстановление власти наместников св.