При этом понтифик отличался утонченным распутством, его жизнь являлась сплошным позором для папского престола. Про его успехи у женщин рассказывали такие чудеса, что в конце концов стали подозревать в колдовстве. По словам современника, Бенедикт «был благословенным только по имени, а на деле занимался грабежами, не останавливался и перед убийствами».

В начале сентября 1044 г. в Риме вспыхнул мятеж, вызванный недовольством римлян правлением Тускулумского рода. Это возмущение, направленное, в первую очередь, против папы Бенедикта IX, было спровоцировано родом Стефани, боковой ветвью знаменитого семейства Кресченциев. Горожане, которые уже однажды пытались убить папу в алтаре, в 1044 г. с собаками выгнали его из города и заставили отречься.

Но 10 января 1045 г. Бенедикт вернулся с большим войском и нанёс поражение восставшим. Римляне, вдохновляемые родом Стефани, не захотели подчиниться порочному папе и 21 января 1045 г. избрали новым понтификом кардинала-епископа Сабины Джованни, который тут же был интронизирован под именем Сильвестра III (20.1.1045–10.3.1046). Бенедикт же укрылся у немцев, а затем меньше чем через два месяца с помощью императорских войск сумел изгнать Сильвестра и снова утвердиться на Св. Престоле. Он немедленно отлучил ставленника конкурирующего рода, и тот вынужден был в марте 1045 г. бежать из Рима и обосноваться в Сабине, где продолжал считать себя законным папой.

Вечный город остался за Бенедиктом, но ненадолго; его дебоши были чересчур шокирующими даже для Рима IX столетия. Кроме того, он влюбился в свою двоюродную сестру и подумывал о женитьбе. Формальные препятствия к браку устранились без труда: папа дал самому себе в силу своей власти нужное разрешение, так называемую диспенсацию, которые в то время за приличное вознаграждение выдавались очень легко. Но отец невесты поставил условием отречение папы от сана. В результате Бенедикт опять отрекся, на этот раз в пользу своего крестного отца Джованни Грациана. Считается, что он согласился с уговорами аббата очень влиятельного монастыря Гроттаферраты и решил продать свой папский титул, что и сделал 1 мая 1045 г. Грациан выплатил огромную сумму, которая, однако, не досталась бьшшему папе, но пошла в качестве компенсации за потерю Св. Престола семье графов Тускулумских. Правда, к тому времени Бенедикт не обладал уже практически никакой властью, будучи лишь орудием в руках этого отчаянно борющегося за власть некогда могущественного рода.

Джованни Грациан ранее служил архипресвитером храма Св. Иоанна у Латинских врат. Получив титул, он принял имя Григорий VI (5.5.1045–20.12.1046), но остался в истории как антипапа. Грациан прославился не своей прекрасной репутацией и безупречной честностью, а благодаря такому экстравагантному поступку, как покупка папского звания с формальной квитанцией. И смешно сказать! — совершил он это для борьбы с симонией. Приобретя за огромную сумму сан у своего крестника Бенедикта IX, он искренне полагал, что избавит Церковь от многих бед, если использует эту мирную возможность. Несмотря на сомнительность сделки, Грациан обладал высоким нравственным авторитетом и был известен как духовный наставник Гильдебранда, будущего великого папы Григория VII.

Петр Дамиани горячо приветствовал вступление на папский престол Григория VI и написал ему: «Пусть Вашим попечением расцветёт порядок в Церкви! Подавите сребролюбцев, жаждущих епископских кафедр! Переверните столы менял и продающих голубей!»

Человек глубокой веры, аскет, убежденный в священном праве вмешательства богоданной светской власти в церковные дела при возникновении такой необходимости, Григорий со всем рвением взялся за восстановление авторитета папства и Церкви. Он тратил свои личные средства на поддержание величественности собора Св. Петра, вернул церкви захваченные баронами земли, обезопасил большие дороги.