Человеку с такими качествами, глубоко проникнутому религиозным энтузиазмом, нельзя было позволить оставаться затворником, и Стефан IX принудил его переселиться в Рим. В 1057 г. Петр Дамиани был возведен папой в сан кардинала и назначен кардиналом-епископом Остии, что сделало его одним из самых высокопоставленных прелатов. Отшельнику тяжело давалась жизнь среди церковной знати. «Когда я нахожусь среди этих епископов, — жаловался Дамиани, — они донимают меня шутками и остротами, приправленными аттической солью, всякого рода тонкостями городского обхождения и тысячью вопросов; все это делает из нас, пастырей, каких-то краснобаев и гаеров. Если в таких случаях я делаю вид, что не понимаю или возмущаюсь, меня называют нелюбезным, фанатиком, гирканским тигром, каменной статуей». Строгий монах имел достаточно оснований жаловаться на кардиналов, которые целыми днями охотились с ловчими птицами или увлекались, как солдаты, игрой в кости. Они, в свою очередь, высмеивали сурового отшельника, когда он осуждал даже невинные шахматные турниры.

Утомленный жизнью в Риме, этот святой человек сложил с себя сан епископа Остии и удалился на житье в небольшой городок. В церковных делах Дамиани, однако, не перестал принимать участие и несколько раз был легатом. Он служил Церкви в качестве нунция, миротворца, посредника между партиями, апостола безбрачия и народного оратора. Его авторитет возрастал независимо от его воли и желания, народ чтил простого и чистосердечного монаха, искренне озабоченного спасением человечества.

В февраля 1072 г. Дамиани умер от простуды в Фаэнце, шестидесяти шести лет от роду, оставив по себе добрую славу как служитель церкви, который отличался в жестокое время самым примерным благочестием и, движимый бескорыстными мотивами, ревностно боролся за церковную реформу. Культура XI в. имела в лице Дамиани одного из ярких представителей; его сочинения — гомилии, теологические и экзегетические трактаты, жития святых, похвальные слова монашеству, письма к современникам и поэтические произведения — свидетельствуют, что это был человек с основательным грамматическим и теологическим образованием, с мечтательным, но не философским умом и жизнерадостным сердцем.

В «Божественной комедии» Данте поместил Петра Дамиани на Седьмое небо рая.

Папа продолжал оставаться настоятелем Монте-Кассино. Для осуществления его планов требовались деньги, и он повелел монахам прислать ему все золотые и серебряные блюда, обещая позже расплатиться с монастырем. Монахи уступили, но так неохотно, что Стефан с сожалением отказался от своей затеи. Все полагали, а Лев Остийский даже утверждал, что папа «испытывал ужас перед нормандцами», и золото ему необходимо, чтобы нанять наемников для борьбы с ними. Поэтому, когда Стефан умер во Флоренции, всего девять месяцев и двадцать дней пробыв на апостолическом престоле, некоторая доля подозрений пала на нормандских предводителей, которым его смерть была весьма выгодна. Однако, учитывая, что перед кончиной он долго болел, наиболее правдоподобным выглядит предположение, что скончался он от естественных причин.

Лотарингский дом скорбел не только по несбывшимся надеждам, но и по своему выдающемуся сыну. Если бы этот человек, обладавший сильным характером, пробыл на папском престоле более продолжительное время, судьба Италии благодаря ему и его брату оказалась бы, вероятно, несколько иной.

Предчувствуя близкую кончину, папа Стефан распорядился не проводить выборы своего преемника до тех пор, пока не вернётся Гильдебранд; он добился присяги от римского клира и народа следовать этому его распоряжению.

Со смертью Стефана закончился начатый Климентом II ряд пяти пап германского происхождения, занимавших престол св.