Генриху III Черному было тридцать девять лет, и за всю жизнь он ни разу всерьез не болел. В конце сентября его свалила лихорадка, и спустя неделю он умер.

Следующие полгода Виктор держал в руках не только папство, но и Западную империю. Его император оставил пятилетнего наследника Генриха IV при формальном регентстве матери, Агнессы Пуату. Благодаря Виктору II власть беспрепятственно перешла к юному королю и императрице. Папа смог устроить примирение императорской семьи с Готфридом Бородатым, вновь короновал маленького Генриха IV в Ахене и позаботился о том, чтобы и склонные к самоуправству южнонемецкие князья присягнули Генриху на верность.

Смерть Генриха III послужила сигналом к феодальным смутам в Священной Римской империи. Правительнице удалось спасти франконский дом только благодаря многочисленным уступкам, приведшим к ограничению императорской власти. Агнесса, в отличие от своих предшественниц, вдовствующих императриц, не была опытным политиком, вступала в неразумные альянсы, награждала, не кого следовало, и карала невиновных. Недовольство ее правлением впоследствии привело к восстанию, в ходе которого архиепископ Кёльна взял на себя регентство, а вдова постепенно теряла влияние.

На Виктора навалилось множество дел. Сопровождаемый кардиналом Бонифацием Конти, он предпринял деловую поездку в Тоскану, но по дороге занемог. Весной 1057 г. он вернулся в Рим. Возвращение оказалось роковым. 28 июля понтифик пал жертвой лихорадки и умер в Ареццо, завещав похоронить себя на родине. На эскорт, сопровождавший его тело в Германию, напали разбойники, и папу спешно похоронили в мавзолее Теодориха в Равенне, к тому времени превращенном в церковь.

Императора, не считая мальчика Генриха IV, не было. В регентство слабой женщины можно было отважиться на попытку провести избрание папы независимо от имперской власти. И естественно, что на это мог решиться только лотарингский кардинал, так как он один был достаточно могуществен, чтобы оказать сопротивление германской короне.

Архидьякон Гильдебранд в это время находился в Риме. Его энергия и убежденность заставили выборщиков в очередной раз склониться перед его волей, и вопрос о преемнике быстро разрешился. Римляне немедленно пожелали иметь папой Фридриха Лотарингского — человека княжеского происхождения, выдающегося ума, твердого характера и полного энергии, некогда выступавшего в качестве главного помощника папы Льва. Теперь он был настоятелем монастыря Монте-Кассино.

Фридрих занял престол римского первосвященника под именем Стефана IX (X) (3.8.1057–29.3.1058).

Известие о смерти Виктора повергло германский двор в печаль; весть же о свободном избрании Стефана, представителя конкурирущего дома, вызвала негодование. Но королевская власть была слишком слаба, поэтому кандидатура Стефана получила вынужденное одобрение императрицы-регентши Агнессы.

Фридрих, сын герцога Лотарингии Гозело, младший брат герцога Лотарингского Готфрида Бородатого, ставший Стефаном IX, возможно, рассчитывал воспользоваться малолетством Генриха IV, упразднить в Италии германскую королевскую власть, учредить под управлением своего брата Готфрида независимое итальянское государство и расширить границы церковных владений. Можно предположить, что он даже надеялся вырвать немецкую корону у франконской династии, чтобы вручить ее Лотарингскому дому. Для этого папа передал Готфриду в Италии множество владений, включая богатое и обширное герцогство Сполето. Готфрид Бородатый, таким образом, получил самую могущественную державу Северной Италии. Этот семейный союз — папа, властитель Рима и маркиз, правитель Тосканы и Лотарингии — мог сокрушить любого противника, в том числе и нормандцев, прочно окопавшихся в Южной Италии. Стефан не забыл унижения своего плена и планировал отомстить потомкам северных морских разбойников, подчинив их Церкви. А если бы Готфрид получил императорскую корону, достичь этого можно было скорее, ибо силы союзников возросли бы неизмеримо.