Полемика греческого духовенства с Римом вызвала неудовольствие императора Константина Мономаха, так как шла вразрез с его примиренческой политикой.

Летом 1054 г. в Константинополь прибыли папские легаты: кардинал Гумберт Бургундский, «ограниченный упрямый клирик с антигреческими взглядами», епископ Петр Амальфийский и канцлер Римской церкви диакон-кардинал Фридрих Лотарингский (будущий папа Стефан IX). Император Константин надеялся на политическую договоренность с папой. Он торжественно принял легатов, оказывая им всяческий почет. Им в угоду был подвергнут духовной казни монах Никита Стифат (ученик Симеона Нового Богослова), которого заставили сжечь публично на площади свои сочинения против латинян.

Михаил Кируларий принял от легатов послание папы, но не оказал им никакого почета и не пожелал видеться с ними. Однако и легаты сразу же выказали полную непримиримость и даже пригрозили грекам анафемой. Фридрих и Петр участвовали в битве при Чивитате и помнили предательство византийцев. В пылу дискуссии они заявили, что «пришли сюда не для того, чтобы их учили, а чтобы учить и обязывать к соблюдению их учений». Греки в ответ изобличили латинян в злополучной прибавке к Символу веры выражения filioque.

Миротворческие старания Константина натолкнулись на неуступчивость обеих сторон.

В это время папа сильно недомогал. Недавний плен, несмотря на всю мягкость условий и предупредительность нормандских предводителей, подорвал его силы. Вернувшись в Рим 12 марта 1054 г., он умер 19 апреля того же года.

В 1087 г., видя множество исцелений, совершающихся на могиле Льва IX, папа Виктор III перенес его мощи в собор Св. Петра.

Город Беневенто, где находился в плену папа Лев IX, до сих пор почитает его как своего небесного покровителя. Римской церковью Лев IX причислен к лику святых.

Лишь только папа Лев закрыл глаза, низложенный папа Бенедикт IX предпринял последнюю в своей жизни попытку вернуть римскую кафедру. Предприятие не увенчалось успехом, и он поселился в бенедиктинском монастыре Гроттаферрата, продолжавшем находиться в тесных отношениях с Тускулумским домом. По мнению некоторых историков, он не только принес Богу покаяние за бурные годы своей жизни, но и принял монашеские обеты.

Точная дата смерти Бенедикта неизвестна. 18 сентября 1055 г. он был ещё жив, а 9 января 1056 г. его уже не было на свете. Погребен папа Бенедикт IX в главном монастырском храме Гроттаферраты.

После кончины папы Льва его легаты в Константинополе оказались в сомнительном положение, поскольку со смертью понтифика их легитимность заканчивалась.

Пять недель напрасного ожидания приема у патриарха вызвали у римских прелатов объяснимое негодование. Они решились на открытую демонстрацию. Утром 16 июля 1054 г. кардиналы вошли перед Литургией в храм Святой Софии и положили на Престол грамоту об отлучении «Михаила Кирулария и сообщников его глупости». Ее написал Гумберт, «человек в высшей степени страстный, охотник до распрей, и притом истый поборник преимуществ римской кафедры», имея на то полномочия от теперь уже почившего папы Льва. Грамота была полна фальсификаций, греки главным образом обвинялись в изъятии filioque из Символа веры, попутно им приписывались всевозможные грехи.

Легаты надеялись на Константина IX, но переоценили его возможности. В Константинополе возник народный бунт, и император был вынужден проявить гибкость. Официально его представители заявили, что греческие переводчики извратили текст грамоты, и она была сожжена; что император нашел «виновных переводчиков» и наказал их и т.д.

20 июля 1054 г. состоялся Собор под председательством Михаила Кирулария в составе двух архиепископов, двенадцати митрополитов и семи епископов. На этом «домашнем Соборе» были отлучены легаты и все с ними единомысленные. Но в решении Собора не было обвинений против западных христиан даже по обрядовым вопросам.