Признанию целесообразности проводить выборы понтифика по строго регламентируемой процедуре послужили жуткие воспоминания о бесчинствах со свободным назначением пап периода порнократии. К выборам было решено допускать исключительно кардиналов-епископов, то есть глав епархий, расположенных в окрестностях Рима. Тем самым была сделана попытка, с одной стороны, достичь независимости выборов папы от влияния партикулярных сил, а с другой — защититься от имперского давления. Положения декрета Николая II способствовали окончательной передаче полномочий в руки церковной аристократии — корпуса кардиналов. Был создан конклав — институт выборщиков, функционирующий с небольшими изменениями до сегодняшнего дня.

Кардиналы в то время еще не носили пурпура, но постепенно, как равные папе, стали делить с ним его светскую власть. Не всегда соблюдаемый ранее обычай возлагать при коронации на голову папы тиару с тех пор также стал традицией.

Было установлено, что папой мог быть избран исключительно римский священник. И только если среди римского духовенства не оказалось бы подходящей кандидатуры, можно было выбрать представителя другой епархии. Выборы должны были проводиться в Риме, за исключением чрезвычайных ситуаций. Папа мог начать исполнять свои обязанности, не дожидаясь интронизации, если военные действия или иные чрезвычайные ситуации мешают ее проведению.

Фактически руководство курией при Николае II находилось в руках темпераментного кардинала Гумберта. По его совместной с Гильдебрандом инициативе в апреле 1059 г. был созван Латеранский собор, призванный наряду с запрещением симонии и светской инвеституры закрепить церемонию избрания папы и придать ей вселенский характер. Немецкий король Генрих IV и его преемники получали привилегию лишь утвердить результаты проведенных без их участия выборов.

Можно считать, что это постановление стало для Священной Римской империи в некотором смысле таким же ударом, как победа нормандцев в битве при Чивитате шестью годами раньше. Несмотря на это, немцы, поглощенные внутренними раздорами, практически не обратили на него внимания. И только когда папа по договору в Мельфи (1059) отдал в лен нормандским авантюристам Роберту Гвискару и Ричарду из Капуи бывшие греческие провинции Калабрию и Апулию, фактически уже находившиеся под их властью, а также Сицилию, которую еще предстояло отвоевать у сарацин, то есть официально даровал Гвискару титул герцога Апулии, Калабрии и Сицилии, в Германии насторожились, а потом и выразили резкий протест.

Еще более встревожили империю слова клятвы обоих нормандских военачальников, ставшими вассалами папы. Они обещали не только во всем поддерживать интересы нынешнего наместника Св. Престола, но также в случае смерти папы и его преемников «…помочь обеспечить выполнение главных желаний кардиналов и римского духовенства и мирян, чтобы папа мог быть выбран и возведен в сан».

Отношения между Римом и империей быстро ухудшались. Регентша в бессильном негодовании вынуждена была наблюдать, как огромные германские владения переходят в руки нормандских разбойников. К счастью для Италии, Генрих IV еще оставался ребенком. Будь он старше, события развивались бы более трагично. Пока же имя папы демонстративно опускалось в молитвах во всех германских церквях; но едва ли Николая это заботило.

Империя и немецкие епископы отказались признавать решения Латеранского синода 1059 г., созвали свой синод и объявили Николая низложенным. Однако военная поддержка нормандцев позволила папе чувствовать себя в этом противостоянии вполне уверенно.