Более года продолжалась эта ужасная гражданская война, а в это время оба папы, из-за которых она велась, служили обедни, издавали буллы и декреты и предавали друг друга анафеме.

Проведенный на Троицу 1064 г. синод в Мантуе вынес окончательное решение. Александр председательствовал на нем, в то время как Гонорий II отказался явиться. В атмосфере вероломных интриг, заговоров, непрочных союзов и неожиданных измен он все более терял авторитет и влияние. На синоде присутствовал и Аннон с частью немецких епископов и князей. После того как Александр защитился от упреков в симонии посредством очистительной клятвы, он был признан законным папой; Гонорий же — отлучен от Церкви. 31 мая 1064 г. было провозглашено его формальное отстранение от власти.

Германцы отказались от Кадала; но римляне по-прежнему стояли за него и настойчиво просили императрицу вернуть им их папу Гонория. Этот злополучный германский претендент, которому изменил сам германский двор, тратил, не жалея, свои сокровища в Парме, чтобы только набрать войско для нового похода в Рим. Кадала поддерживали многие ломбардские епископы, а реакция, которая наступила тем временем при германском дворе, сулила ему даже скорую победу. Однако время было не на его стороне. Протомившись больше года в Леонине, ограбленный своим защитником Ченчио Франджипани, он позорно бежал в Парму. Но до самой смерти Кадал, оставаясь епископом Пармским, не отказывался от своих притязаний, и в Ломбардии еще имел некоторых приверженцев.

Таким образом, схизма 1061 г., которая, как иногда казалось, будет иметь опасные последствия для реформаторского движения, завершилась победой реформаторов.

Возведению на римскую кафедру Александра II способствовал и Ричард Капуанский, действоваший по наущению аббата Монте-Кассино Дезидерия. Когда папа и нормандский военачальник поссорились, покровительство Св. Престолу взял на себя «добродетельный норманн» Вильгельм де Монтрей. Александр, в свою очередь, оказывал нормандцам содействие во многих начинаниях. С 1063 по 1072 г. Александр последовательно способствовал нормандским экспедициям в Сицилию, что в немалой степени обеспечило их успех.

После битвы при Черами, ознаменовавшей подчинение Сицилии нормандцам, граф Рожер повелел отправить папе Александру дары, в числе которых было четыре лучших ездовых верблюда, захваченных у сарацин. Поддержка папы нормандцами продолжала оставаться могучей и действенной, особенно пока в Германии не было признанного лидера.

Требования Александра восстановить демократизм раннехристианской Церкви снискали ему множество сторонников. Укрепившись в Риме, он посылал своих легатов во все страны латинского христианского мира и вникал во все внутренние проблемы государств. Влияние папства в Западной Европе расширялось. Возможность для этого представилась, прежде всего, в Испании, где утвердилось клюнийское монастырское движение. Существенного успеха папская политика достигла в Арагоне: в 1068 г. король Санчо прибыл в Рим, чтобы передать свою страну под покровительство св. Петра.

Во Франции, пока Филипп I, в 1060 г. сменивший на троне своего отца Генриха I, не достиг совершеннолетия, Александр неоднократно имел возможность вмешиваться во внутрицерковные вопросы. Он признал незаконным второй брак Анны Ярославны, вдовы короля Франции Генриха I, с графом Раулем Валуа.

Когда Вильгельм Незаконнорожденный, ревностный сторонник церковной реформы в Нормандии, решил завоевать Англию, он получил поддержку Рима. По инициативе Гильдебранда Александр передал ему тогда «vexillum sancti Petri» («знамя святого Петра») и тем самым придал захватническому предприятию нормандского герцога характер справедливой войны. Известно, что, имея в виду завоевания Англии, папа наконец дал, хотя и с трудом, разрешение на брак Вильгельма Нормандского с Матильдой Фландрской.

Однако отношения между папством и германским двором становились все более напряженными.