Николай провел ряд важных реформ. Сначала он направил Петра Дамиани и другого выдающегося церковного деятеля, Ансельмо Луккского, в Милан, где духовенство славилось своей распущенностью. С риском для жизни папские посланники провели синод, на котором миланские прелаты вынуждены были дать торжественную клятву отказаться от симонии и от сожительства с женщинами.

В 1060 г. Николай приказал арестовать низложенного папу Бенедикта X, конфисковал все его имения под предлогом нарушения им клятвы и симонии, а также приказал подвергнуть его церемонии лишения кардинальского достоинства и запрещения служить в качестве епископа и священника. Несчастного папу поместили как пленника в приют для бедных при соборе Св. Агнессы в Риме. Там Бенедикт прожил еще около двадцати лет и умер в полной нищете.

Скончавшись, Бенедикт X нашел вечное упокоение в этом прекрасном храме; его могила находится между алтарями Рождества Христова и св. Иеронима. Развенчанный папа пережил не только Николая II, но и его преемника — Александра II, и застал начало понтификата Григория VII.

Теперь папу Бенедикта X считают незаконным. «Католическая энциклопедия» вообще воздержалась от публикации статьи о нём. Там после Бенедикта IX сразу идёт Бенедикт XI.

Влияние Гильдебранда в недрах Церкви возрастало. Петр Дамиани писал ему: «Я уважаю папу, но тебе я поклоняюсь, простершись ниц: ты делаешь его господином, а он тебя — Богом». Правда, другие сравнивали отношения между Николаем II и Гильдебрандом со связью, существующей между ослом и его хозяином.

Все грандиозные усилия, приложенные для избрания понтификом нужного человека, скоро пошли прахом. Николай II умер в июле 1061 г. во Флоренции, где он продолжал выполнять функции епископа даже после избрания папой, и был похоронен в соборе Св. Репарата.

По смерти Николая II римская партия реформ уже стремилась довести дело до разрыва с империей. Гильдебранд хотел провести выборы быстро, чтобы немцы не успели вмешаться. Он прочил в папы Ансельмо да Банджо, который завоевал доверие реформаторов еще в юности, когда был одним из предводителей миланской партии народного движения (патаренов), боровшейся с симонией и гнетом развращенного миланского духовенства. Его красноречие оказало большое влияние на народ. Вместе с двумя другими клириками, Ариальдом и Ландульфом, он выступал против самого архиепископа Гвидо, проповедуя на улицах и площадях.

В то время Милан, город св. Амбросия, соперничал с Римом, городом св. Петра. Архиепископ Миланский, нажившийся на продаже церковных должностей, враждовал с горожанами. Против него выступали городские проповедники левого толка, особенно Ансельмо да Банджо. Он учил, что Церковь обязана служить бедным и сама быть бедной; священники должны отличаться ангельской чистотой и не брать денег за требы.

Ансельмо происходил из богатейшей миланской семьи, но увлекся строгой монашеской жизнью; он учился у Лафранка и сотрудничал с Петром Дамиани. В его лице на папский трон взошел бы глава партии, недовольной падением авторитета Церкви.

Но ситуация с выборами пап все время стремилась выйти из-под контроля. Новая процедура, предложенная Николаем II, дала результат, прямо противоположный тому, которого он стремился достичь. Споры по поводу передачи папской кафедры становились неизбежными, ибо как могла императрица-регентша Агнесса принять любого кандидата, избранного по новым правилам в Риме, не одобрив саму процедуру? Таким образом, смерть Николая II создала ситуацию еще более запутанную, чем обычно.

Римская знать, также недовольная тем, что установленный Николаем II порядок выбора папы фактически лишил их влияния, обратилась к Агнессе с просьбой утвердить предлагаемую аристократами кандидатуру. С похищенными из Латеранского дворца знаками папской власти они направились в Германию, предлагая несовершеннолетнему германскому королю Генриху IV титул римского патриция и прося назначить на папский трон уроженца Вероны, епископа Пармы с 1046 г.