Граф Ростопчин понимал, что если Москва будет сдана, нельзя допустить, чтобы представители власти остались в городе. Наполеон воспользовался бы их присутствием, заставил бы стать глашатаями его воли и таким образом придавал бы своим решениям видимость законности. Чтобы предотвратить подобное развитие событий, граф Ростопчин приказал сенаторам выехать в Казань. Тех, кто мешкал с отъездом, генерал-губернатор вызвал к себе и, превышая свои полномочия, пригрозил им арестами и ссылкой в сопровождении полиции.

Графу Ростопчину приходилось заниматься и теми офицерами, которые находились в действующей армии и там подпадали под подозрение в шпионаже. Главнокомандующий Барклай-де-Толли завел такую практику. Он поручал офицеру, которого подозревал в предательстве, доставить срочную депешу московскому главнокомандующему графу Ростопчину. Ни о чем не догадывавшийся курьер приезжал в Москву и вручал Федору Васильевичу запечатанное послание. Вскрыв пакет, граф Ростопчин обнаруживал поручение Барклая-де-Толли арестовать предъявителя письма. Федор Васильевич приглашал обер-полицеймейстера и отдавал приказ задержать гостя. На следующий день чаще всего граф Ростопчин отправлял арестованного в Пермь.

Но бывали исключения. В августе с таким письмом в Москву прибыл барон Карл Федорович Левенштерн. Но вместо того чтобы арестовать его, граф Ростопчин пригласил гостя за стол. Они пили чай, беседовали, затем Федор Васильевич познакомил барона со своей семьей и велел ему приезжать ежедневно к нему на обед. Барон Левенштерн провел в Москве две недели. Он ежедневно посещал дачу Ростопчина в Сокольниках, общался с историографом Николаем Михайловичем Карамзиным и дожидался крайне ответственного поручения от московского главнокомандующего, в распоряжении которого оказался. Об иной причине столь долгой задержки в Москве, вдали от действующей армии, Карл Федорович не догадывался.

Наконец граф Ростопчин открыл барону Левенштерну тайну его пребывания в Москве. Федор Васильевич пояснил, что Карл Федорович сразу же вызвал у него симпатию. Наблюдая за гостем, Ростопчин окончательно убедился в несостоятельности подозрений. Барону пришлось провести в обществе Федора Васильевича еще неделю. За это время граф Ростопчин поставил в известность императора о принятом им решении восстановить Левенштерна на службе. По воле графа Ростопчина барон отправился не в ссылку, а назад, в действующую армию.

Левенштерн почувствовал себя оскорбленным со стороны Барклая-де-Толли и начальника штаба 1-й Западной армии генерала Алексея Петровича Ермолова. Барон возвращался к месту службы с твердым намерением потребовать объяснений. Но в армию Левенштерн прибыл как раз к началу Бородинского сражения. Он застал Барклая-де-Толли в ту минуту, когда тот садился верхом на лошадь. Время для объяснений было неподходящим. Но героическая Бородинская битва не оставила места для обид, искупила все провинности. Плечом к плечу с генералом Ермоловым барон Левенштерн отбивал у противника батарею Раевского. Оба были ранены. После битвы по представлению Алексея Петровича Ермолова барон Левенштерн был награжден Орденом Святого Георгия 3-й степени. Позднее барон с благодарностью вспоминал о том, как граф Ростопчин не отправил его в Пермь, как предписывал Барклай-де-Толли.

Таким же образом были высланы к графу Ростопчину заподозренные в шпионаже флигель-адъютанты Александра I Михаил Федорович Влодек, князь Константин Ксаверьевич Любомирский, Владислав Григорьевич Браницкий и Станислав Станиславович Потоцкий. Федор Васильевич Ростопчин сразу же вступился за всех четверых перед императором и высказал свое мнение, что утечка секретных сведений происходила не через них, а через Людвига фон Вольцогена, о роли которого в создании Дрисского лагеря мы уже говорили.

В отношении четверых флигель-адъютантов его величества время доказало правоту графа Ростопчина. Подозрения в отношении них оказались напрасными.