Но скрыть от правительства угличскую драму было невозможно. Уже 19 мая в город прибыла следственная комиссия во главе с видным боярином Василием Ивановичем Шуйским. В ее состав вошли также окольничий А. П. Клешнин, тесть Григория Нагого, и дьяк Елизарий Вылузгин. Для допроса они вызвали более 140 человек и перед каждым поставили три вопроса: из за чего умер царевич Дмитрий; почему были убиты дьяк Михаил Битяговский и его окружение; против кого было направлено восстание угличан?

Ответы на них давались разные. Михаил Нагой заявил, что царевича убили Данила Битяговский, Никита Качалов и Осип Волохов. Очевидцы происшедшего его слова опровергли. В частности, Василиса Волохова, которая была мамкой царевича, сказала, что Дмитрий уже давно страдал от «падучего недуга». В апреле во время припадка он искусал руки дочери Андрея Нагого, 12 мая у него снова был приступ, 15 мая он чувствовал себя неплохо, и мать позволила ему поиграть во дворе с мальчиками жильцами: Петрушкой Колобовым, сыном постельницы, Баженком Тучковым, сыном кормилицы, и еще двумя детьми. Но во время игры с ним случился припадок, и он сам покололся ножом. Ее показания подтвердили Ирина Тучкова и все мальчики.

Члены следственной комиссии пришли к выводу, что царица Мария умышленно натравила посадских людей на ни в чем не повинных государевых людей, и те были убиты. Саму ее допрашивать ни Василий Шуйский, ни митрополит Крутицкий Геласий не имели права. Они лишь позвали Марию к собору и при ней вновь допросили наиболее важных свидетелей, обличивших ложь Нагих. Становилось ясным, что царице и ее родственникам предстоит понести наказание за содеянное. 30 мая следственная комиссия уехала в Москву. А несчастной матери, лишившейся со смертью сына всякой перспективы и надежды на лучшее будущее, оставалось лишь ждать решения боярского суда и царя. Правда, с помощью своих многочисленных родственников она постаралась навредить ненавистному Борису Годунову. По ее просьбе они стали активно распространять слухи о том, что Дмитрий был убит по приказу стремящегося к власти царского шурина. Поначалу это никак не навредило Борису, но в будущем сыграло роковую роль в его судьбе. Несомненно, Нагие делали большую ставку на царевича Дмитрия – возможного наследника престола. Поэтому они попытались привлечь максимальное внимание русских людей к его гибели как к важному государственному событию. Для этого по приказу Афанасия Нагого несколько человек занялись поджогами в столице. Однако их акция успеха не имела. Поджигатели были пойманы и разоблачены. От этого вина Нагих стала еще более очевидной, а наказание – суровым. На заседании Боярской думы Мария Нагая, ее братья и дядья были признаны виновными в убийстве государевых людей, в подстрекании угличан к восстанию и даже в смерти царевича Дмитрия, которому они уделяли недостаточно внимания. Кроме того, Афанасия обвинили в том, что он распространял вздорные слухи и пытался поджечь Москву. Наказание для всех было достаточно суровым. 200 простых угличан были публично казнены, менее виновные были брошены в тюрьмы или отправлены на поселение в Сибирь. Город после этого запустел. Братьев Марии сначала пытали, потом лишили всего имущества и отправили в тюрьмы в маленькие поволжские крепости. Саму царицу насильно постригли и отправили в убогий Девичий монастырь на Белоозеро. Случилось то, чего она смертельно боялась с момента замужества. На далеком Севере Марии Марфе оставалось только горько рыдать по поводу несбывшихся надежд и мечтаний и копить в сердце злобу на тех, кто, по ее мнению, был виновен в бедах и злоключениях.

В изгнании

В самом мрачном и подавленном состоянии ехала Марфа в далекую северную обитель.