Проект организации военного министерства создавался с учётом составленного Сперанским и изданного 25 июня 1811 года «Общего учреждения министерств», которое относило к ведению военного министерства «все военные сухопутные силы в составлении их, в устройстве, продовольствии, снабжении и движении».

«Общее учреждение министерств» устанавливало внутреннюю структуру, главные составные части каждого из вновь образуемых министерств, вводя в их организацию бюрократическое единообразие. Соответствующий документ необходимо было создать для военного ведомства.

«Учреждение военного министерства» было утверждено Александром. В состав министерства входило семь департаментов: артиллерийский, инженерный, инспекторский, аудиторский, комиссариатский, провиантский и медицинский.

Артиллерийский департамент занимался снабжением армии и крепостей артиллерией, заготовкой пороха и снабжением им всей армии и государства, включая его свободную продажу. Этот департамент руководил и всеми пороховыми и селитряными заводами империи. Он осуществлял комплектование полков и артиллерийских бригад боеприпасами, ведал устройством и содержанием лабораторий. В его ведении находилось производство орудий и различных артиллерийских приборов, строительство и содержание конюшен, артиллерийских складов и парков, изготовление огнестрельного и холодного оружия для артиллеристов.

Инженерный департамент руководил и следил за содержанием в исправном состоянии крепостей и укреплений и производил строительство новых. В его же ведении находились ремонт и строительство всех зданий в крепостях. Он занимался также торгами и подрядами, наймом вольных рабочих и мастеровых, поставками материалов и припасов, заготовкой топлива для казарм. Особое внимание обращалось на содержание в должном порядке казарм, домов и конюшен гвардии. Как и в артиллерийском департаменте, здесь была создана финансовая инспекция, осуществлявшая контроль всех подведомственных подразделений.

Инспекторский департамент ведал личным составом армии: рассылал приказы императора и военного министра, вёл переписку по судебным делам, рассматривал жалобы гражданских учреждений на военных чиновников, систематизировал и хранил законы и постановления, относящиеся к делам армии. Этот департамент вёл делопроизводство по кадровым вопросам: собирал и хранил послужные списки, отмечал все перемещения и продвижения офицеров по службе, составлял сводки о состоянии полков на основании ежемесячных рапортов, поступавших в министерство. Здесь вели учёт умерших, заболевших, дезертировавших; составляли табели и списки о командировках, награждениях и т. п. по всем родам войск, вели общую статистику кадрового состава армии, а также дела по рекрутским наборам и комплектованию армии, назначении вдовьего и инвалидного содержания.

Аудиторский (военно-судебный) департамент ведал определением на должности, увольнением и награждением военных аудиторов. Он же ревизовал судебные дела особой важности, относящиеся к полковникам и генералам, и выносил окончательные решения по всем приговорам, касающимся военнослужащих более низких рангов. Департамент следил за деятельностью всех военных судов, за сроками прохождения дел, правильностью следствия и судебной процедуры, консультировал военные суды.

Комиссариатский департамент ведал финансовой и хозяйственной деятельностью, а также определением на должности, увольнением и награждением своих чиновников, контролем за финансово-денежными делами и операциями во всей армии. В его же ведении находилось содержание и материальное обеспечение лазаретов, аптек, рекрутских депо, заключение контрактов на поставку для армии различных вещей и материалов, включая амуницию.