Комиссариатский департамент покупал и строил фабрики и склады для производства и хранения армейского имущества, выбраковывал пришедшее в непригодность снаряжение. Главной его обязанностью был контроль за состоянием финансовых и имущественных дел в полках. Особое внимание обращалось на оформление документов при сдаче и приёме полков старыми и новыми командирами. Служба контроля в комиссариатском департаменте была ещё более жёсткой, чем в инженерном или артиллерийском.

Провиантский департамент занимался снабжением войск продовольствием и фуражом. Его органами на местах были так называемые комиссии, располагавшиеся в Петербурге, Москве, Выборге, Риге, Витебске, Киеве, Кременчуге, Оренбурге, Тобольске и других городах. Департамент собирал сведения об урожаях во всех губерниях, о потребности различного продовольствия в тех или иных местах государства, о ценах на хлеб, расходах зерна на винокурение и т. д. В его задачу входили устройство складов и хранилищ продовольствия, их строительство и ремонт, а также и контроль за расходованием средств.

Медицинский департамент отвечал за организацию военно-медицинской службы: от контроля за правильностью лечения в лазаретах до организации прививки оспы солдатским детям.

Кроме департаментов в состав министерства входили военный учёный комитет, военное топографическое депо, типография и особая канцелярия, занимавшаяся секретным делопроизводством. Эти структурные подразделения находились в поле зрения военного министра и выполняли его поручения.

Военное топографическое депо было организовано «под непосредственным начальством военного министра для собирания, составления и хранения карт, планов, чертежей, топографических и статистических описаний журналов и донесений о военных действиях, проектов и диспозиций наступательной и оборонительной войны, и особенно для сочинения из всех собираемых материалов основательных записок и таблиц из исторических военных сведений.

Деятельность депо была столь же скрупулёзно расписана по пунктам, как и деятельность департаментов, отделений и столов.

Документ «Учреждение военного министерства» Александр I утвердил 27 января 1812 года. Вторым не менее важным документом стало «Учреждение для управлений большой действующей армией», утверждённое императором в тот же самый день. Оба документа были созданы уже упомянутой «Комиссией для составления военных уставов и уложений».

К работе над «Учреждением для управления большой действующей армией» были привлечены личные секретари военного министра майор А. В. Воейков и статский чиновник Е. Ф. Канкрин, ставший впоследствии министром финансов.

Разработанный документ должен был устранить ненужное дублирование приказов и действий, повысить оперативность и чёткость руководства войсками во всех звеньях, ввести единообразие в структуре частей и подразделений, строго определить круг вопросов и обязанностей, находящихся в компетенции различных служб.

Главной задачей нового документа явилось придание всем сухопутным силам России такой структуры и такого порядка, которые оказались бы оптимальными в случае начала большой войны, требующей введения в бой огромной действующей армии.

Приступая к работе над «Учреждением для управления большой действующей армией», его создатели понимали, что в этом документе должен быть обобщён не только передовой отечественный, но и мировой военный опыт.

Работа началась почти сразу после назначения М. Б. Барклая-де-Толли военным министром и продолжалась до февраля 1812 года. Материалами для составления документа послужили все постановления по военной части, существовавшие в России, и аналогичные постановления, изданные во Франции с 1791 года. Последнее обстоятельство делало «Учреждение для управления большой действующей армией» чрезвычайно эффективным для борьбы именно с французской армией. Разработчики штудировали декреты и декларации Конвента, приказы Наполеона и его генералов.