Осенью того же 1184 г. Фридрих в шестой раз вступил на землю Италии, но не поспешил в Верону. Луцию пришлось ждать его несколько недель, что вызвало естественное раздражение старого человека. При встрече отношения их тотчас же разладились. Папа выказал себя неуступчивым в церковных вопросах и в еще не улаженных разногласиях по поводу владений Матильды. Недовольство папы было вполне объяснимо. Императору удалось сделать ловкий ход, который в значительной степени подрывал всю политику римской курии: Фридрих высватал своему сыну Генриху дочь короля Рожера, тетку короля Вильгельма II. Если бы у того не появилось потомства, она оказалась бы наследницей Сицилийского королевства. Следовательно, к Генриху через жену могли со временем перейти и Сицилия, и Апулия, и герцогство Капуанское (правда, в это время ничто не предвещало, что Вильгельм II умрет бездетным, в возрасте тридцати шести лет). Пока же этот шаг можно было рассматривать просто как заявление о восстановлении дружественных отношений. Папа являлся сюзереном этих земель, но его согласия не спросили. Луций в досаде отказался венчать императорской короной Генриха, которого Фридрих хотел сделать соправителем. Свое несогласие папа лаконично, но твердо мотивировал тем, что публичное право исключает наличие двух императоров одновременно.

Кроме того, Луций отказался принять в сущем сане или вновь посвятить германских епископов, получивших свои епархии от антипап Виктора IV, Пасхалия III и Каликста III, хотя за этих епископов просил сам Фридрих. Когда в Трире в результате выборов появились два кандидата на архиепископство, Луций III отказался признать кандидата, одобренного императором.

Как бы желая лишний раз доказать, что прочный мир между папством и империей невозможен, Фридрих и Луций возобновили борьбу за родовые владения маркграфини Матильды. Император и папа равно утверждали, что она завещала эти земли им, и оба предъявляли документы, подтверждающие их права.

Тем не менее Веронская ассамблея имела большое значение, поскольку помимо заявленного сторонами намерения организовать крестовый поход обе власти по обоюдному согласию провозгласили эдикты против еретиков-катаров, вальденских братьев и прочих отступников, уже по меньшей мере лет двадцать беспокоивших Церковь и светскую власть. Луций III еще в 1180 г. осудил вальденсов за их уклонение от католической веры, а теперь обнародовал закон, объявлявший «лионских бедняков» еретиками наравне с катарами.

В 1184 г. папа поручил епископам разыскивать в своих диоцезах еретиков для привлечения их к суду. Он издал декрет, по которому епископы или их представители должны посещать каждого прихожанина хотя бы один раз в год. А там, где подозревалось наличие очага ереси, они могли требовать задержания любого подозреваемого или того человека, чья жизнь отличалась от жизни обычного католика. Этих людей должен был допрашивать епископский трибунал.

В то же время он заключил с Барабароссой соглашение, согласно которому светская власть под страхом отлучения должна была приводить в исполнение вынесенные епископскими судами смертные приговоры. Несчастные последователи Вальдо терпели самые изощренные пытки, которые могут зародиться только в исступленном воображении клирика.

Это был первый проект создания церковно-государственного учреждения, стоящего на страже «чистоты доктрины и обычаев», позднее получивший развитие в качестве «святой инквизиции».

Личность папы Луция III часто не вполне справедливо связывают с основанием мировой инквизиции. Он действительно способствовал созданию общей системы розыска, или постоянного следствия для расследования религиозных преступлений, в том числе и ересей. Государственные «расследователи и инквизиторы» в Вероне ставили своей целью раскрытие и наказание богохульников. По замыслу папы, инквизиция подражала практике, существовавшей издавна: епископ, прибывавший в приход, избирал из уважаемых в этой местности людей нескольких, дающих ему клятву открыть без страха все, что им известно о преступлениях или злодеяниях, которые требовали церковного следствия.