К открытой вражде папы с императором привел отказ Фридриха уступить спорное наследство Матильды. Кроме того, Римской курии внушал опасения блестящий успех, достигнутый германской политикой в Сицилии.

После недолгого расцвета династия Рожера Отвильского оказалась в состоянии династического кризиса, и его внук Вильгельм II, не имея потомства, согласился на брак Констанции, своей тетки, с Генрихом, старшим сыном Фридриха. Несмотря на протест папы, номинального суверена Сицилии, это роковое бракосочетание состоялось в Милане 27 января 1186 г. Миланцы, как будто забывшие, что их дома были сровнены с землей, упросили императора в виде особой милости отпраздновать событие в их городе. Венчание свершилось при огромном стечении гостей, съехавшихся со всей Италии и из-за Альп. Барбаросса торжественно провозгласил своего сына цезарем, т.е. соправителем, для чего согласие Урбана оказалось вовсе не нужным. Император настаивал на коронации Генриха «железной короной лангобардских королей», но папа отказался предоставить ломбардскую корону, которая была в его распоряжении, поскольку он оставался по-прежнему архиепископом Миланским. Тогда император поручил совершить церемонию патриарху Аквилейскому. Этим бракосочетанием Сицилия — лен Св. Престола, так часто служившая папам опорой против германских королей, — в случае бездетной смерти Вильгельма переходила во владение германской империи.

Папа внезапно увидел церковную территорию окруженной обширными владениями Штауфенов, а себя в Вероне — почти на положении пленника. Глава Церкви отреагировал жестко. Он тут же наделил Кремону полномочиями возглавить на полуострове движение гвельфов против Фридриха и начал создавать антиимперскую коалицию среди немецкого клира. Его призыв встретил благоприятный отклик у некоторых германских прелатов: Фольмара, демонстративно признанного папой законным архиепископом Трира, и Филиппа Гейнсбергского, епископа Кёльнского, которого сильно раздражало вмешательство Фридриха в его дела.

Таким образом, папе удалось создать некую оппозицию в среде епископов. Но лишь Фридрих вернулся в Германию, тут же последовал его ответ, быстрый и резкий. Верона была блокирована, все подступы к ней отрезаны. Генрих VI направился с войском в Центральную Италию, в церковные области, где намеревался действовать самым решительным образом на благо империи.

Кремона, устрашенная военными репрессиями, обязалась не выступать против Фридриха.

18 июня папа отправил немецким прелатам жалобу на действия императора. Он обвинил его во вторжении в Патримонию св. Петра, в несправедливых подозрениях в адрес папы, в разграблении пьемонтских церквей и в ущемлении духовенства и городов Тосканы.

Это послание фактически поощряло немецких прелатов к сопротивлению императору. Фридрих в свою очередь на ассамблее в своем дворце в Гельнгаузене посетовал на неправомерные действия папы. Большая часть немецкого духовенства не представляла, что можно восстать против их государя. В результате те, на кого надеялся папа, осудили его и составили очень эмоциональное послание, обвиняя во «враждебности по отношению к императору».

На стороне папы остался только Филипп Гейнсбергский, которого Фридрих военной силой быстро принудил к повиновению.

Урбан III оказался в полной изоляции.

Тогда император довел до его сведения, что намерен возобновить переговоры и рассчитывает на личную встречу. Однако упрямый Урбан не уступал и ждал дальнейшего развития событий. Оно не замедлило последовать. Генрих Гогенштауфен открыто начал переговоры с римским сенатом. Урбан III призвал императора предстать перед папским судом в Вероне, угрожая Фридриху отлучением от Церкви. Фридрих отправил в Верону посольство, надеясь, как всегда, поставить на своем. Жители Вероны, считавшие себя лояльными подданными империи, потребовали от папы не произносить анафемы на Фридриха в их городе. Непримиримый папа, чтобы не встречаться с послами Фридриха, направился из Вероны в Венецию, где собирался провозгласить отлучение.